Cùng với việc thông xe toàn tuyến, VEC dự kiến tổ chức thu phí đồng bộ ngay khi cao tốc được đưa vào khai thác. Theo biểu giá dịch vụ sử dụng đường cao tốc Bến Lức - Long Thành đã được VEC ban hành, công bố và niêm yết từ ngày 10/8/2025, đơn giá cơ sở là 2.000 đồng/PCU/km. Mức tiền thực tế phụ thuộc vào nhóm phương tiện và hành trình.