Theo Hiệp hội Hồ tiêu và Cây gia vị Việt Nam (VPSA), mỗi năm ngành hồ tiêu sản xuất khoảng 200.000 tấn, trong đó có đến 95% được xuất khẩu. Phần tiêu thụ nội địa chỉ chiếm khoảng 5 %, trong đó chế biến sâu và bán ra thị trường trong nước chỉ khoảng 2,5%.
Theo VPSA, nếu áp thuế VAT 5% lên toàn ngành, Nhà nước thu được 1 đồng thì phải hoàn lại đến 39 đồng. Theo đó, số thuế VAT thực thu từ ngành này chưa đến 55 tỷ đồng mỗi năm, trong khi số thuế hoàn lại cho doanh nghiệp xuất khẩu lên tới hơn 2.100 tỷ đồng.
Bên cạnh đó, cơ chế hoàn thuế đang tồn tại nhiều kẽ hở, dễ bị lợi dụng để gian lận, gây thiệt hại cho ngân sách lẫn doanh nghiệp làm ăn chân chính. Những doanh nghiệp xuất khẩu có lợi nhuận biên chỉ 1-3% lại bị buộc phải nộp rồi chờ hoàn thuế, khiến dòng vốn bị đình trệ, giảm khả năng cạnh tranh trên thị trường quốc tế.
Trước thực trạng này, VPSA kiến nghị Chính phủ, Quốc hội và các Bộ, ngành liên quan xem xét về thuế giá trị gia tăng đối với ngành hồ tiêu và gia vị.đề xuất bãi bỏ thuế VAT đầu vào cho hàng hóa phục vụ xuất khẩu, thay vào đó là áp dụng thuế khoán 0,5% tính trên kim ngạch xuất khẩu. Đối với sản phẩm tiêu dùng trong nước, hiệp hội kiến nghị tiếp tục giữ thuế VAT 5%.
Cũng kiến nghị Chính phủ về thuế, Hiệp hội Chế biến và xuất khẩu thủy sản Việt Nam (VASEP) cho biết, dù ngành đạt kim ngạch xuất khẩu hơn 10 tỷ USD năm 2024, nhưng lại đang chịu bất cập lớn về chính sách thuế VAT. Cùng một loại sản phẩm thủy sản nhưng có thể bị áp hai cách tính thuế khác nhau tùy theo điều khoản áp dụng của Luật Thuế VAT năm 2024. Một bên quy định đây là sản phẩm không chịu thuế, nhưng điều khoản khác lại quy định phải chịu thuế 5%. Điều này khiến doanh nghiệp lúng túng khi kê khai thuế, nhất là với sản phẩm chỉ sơ chế đơn giản để xuất khẩu.
VASEP cũng nêu lên bất cập về cơ chế hoàn thuế hiện nay phụ thuộc vào việc nộp thuế của bên bán. Nếu bên bán chưa kê khai hoặc còn nợ thuế, hóa đơn đầu vào của bên mua sẽ không được chấp nhận để hoàn thuế, dù doanh nghiệp đã thanh toán đầy đủ, đúng quy định. Tình trạng này đặc biệt phổ biến khi bên bán là các đơn vị nhỏ, thời điểm mua bán chưa đến hạn kê khai thuế hoặc đang khấu trừ đầu vào.
VASEP kiến nghị Chính phủ đưa một số mặt hàng thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường trở lại diện không chịu thuế VAT như trước. Đồng thời, đề xuất xây dựng hệ thống xác minh nghĩa vụ thuế bằng công nghệ số để doanh nghiệp có thể chủ động kiểm tra và rút ngắn thời gian hoàn thuế, giảm rủi ro khi kê khai.
Trước đó, Hiệp hội Lương thực Việt Nam và Hiệp hội Cà phê ca cao Việt Nam cũng có công văn gửi Chính phủ và các bộ ngành liên quan, kiến nghị đưa 2 mặt hàng này vào danh mục không chịu thuế VAT.
