Theo đó, hai bên sẽ hợp tác trong các lĩnh vực như nghiên cứu, ứng dụng đồng vị phóng xạ và bức xạ; thiết kế, xây dựng và vận hành các lò phản ứng hạt nhân nước nhẹ; phát triển nguồn nhân lực; thăm dò, khai thác tài nguyên urani; lưu giữ, chôn cất chất thải phóng xạ…
Hiệp định cũng sẽ tạo ra khuôn khổ pháp lý cần thiết, để các tổ chức khoa học công nghệ, cơ sở giáo dục… của Việt Nam và Nhật Bản hợp tác và đầu tư trong lĩnh vực năng lượng hạt nhân vì mục đích hòa bình.