Trong Dự thảo tờ trình lên Chính phủ, Bộ Nông nghiệp và môi trường đề nghị tiếp tục duy trì cơ cấu tổ chức gồm 29 đơn vị như quy định hiện nay để ổn định tổ chức. Trong đó có 6 đơn vị tham mưu tổng hợp gồm Văn phòng Bộ và 5 Vụ (gồm Vụ Hợp tác quốc tế, Vụ Kế hoạch - Tài chính, Vụ Khoa học và Công nghệ, Vụ Pháp chế, Vụ Tổ chức cán bộ).
Theo Bộ Nông nghiệp và Môi trường, đây là các đơn vị tham mưu tổng hợp mà các bộ, ngành đều có. Bộ cũng thực hiện chủ trương không tổ chức phòng trong Vụ, sẽ sửa đổi quy định tại Nghị định theo hướng bỏ quy định thành lập phòng thuộc Vụ Kế hoạch - Tài chính và Vụ Tổ chức cán bộ.
Đối với các đơn vị quản lý chuyên ngành, Bộ Nông nghiệp và Môi trường đề xuất giữ nguyên 19 cục quản lý chuyên ngành do các cục đều có đối tượng quản lý tương đối rõ, ổn định, được điều chỉnh bởi các luật chuyên ngành, bảo đảm bao quát các ngành, lĩnh vực lớn của Bộ, qua đó tạo thuận lợi cho việc xây dựng thể chế, chính sách và tổ chức thực thi pháp luật.
Đối với đơn vị sự nghiệp công lập trực tiếp phục vụ quản lý nhà nước của Bộ, Bộ cũng đề xuất giữ nguyên 4 đơn vị, gồm Viện Chiến lược, Chính sách nông nghiệp và môi trường; Báo Nông nghiệp và Môi trường; Tạp chí Nông nghiệp và Môi trường; Trung tâm Khuyến nông quốc gia. Đây là các đơn vị đáp ứng các tiêu chí theo quy định, do đó đề nghị tiếp tục duy trì các đơn vị này quy định tại Nghị định.
Tuy nhiên, Bộ Nông nghiệp và Môi trường cho biết, cơ cấu tổ chức bên trong các đơn vị, tổ chức trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường sẽ tiếp tục thực hiện sắp xếp, tinh gọn đầu mối, giảm mạnh các tổ chức cấp phòng và tương đương.
Trước đó, khi hợp nhất Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn - Bộ Tài nguyên và Môi trường thành Bộ Nông nghiệp và Môi trường, cơ cấu tổ chức của Bộ đã được sắp xếp tinh gọn mạnh (giảm 25/55 đầu mối, tương ứng tỷ lệ giảm 45,45%).
Trong đó, với các đơn vị tham mưu tổng hợp đã giảm từ 13 xuống còn 6, số đơn vị quản lý chuyên ngành giảm từ 27 xuống 19, số đơn vị công lập được sắp xếp, tổ chức lại thành 4 đơn vị thuộc cơ cấu tổ chức của Bộ.
Ngoài ra, Bộ có 46 đơn vị sự nghiệp công lập (được sắp xếp, kiện toàn từ 72 đơn vị) quy định tại Quyết định số 1811/QĐ-TTg ngày 23/8/2025 của Thủ tướng Chính phủ.
Bộ Nông nghiệp và Môi trường cho biết thêm, thi hành Nghị định số 35/2025/NĐ-CP, số lượng đầu mối bên trong của các đơn vị trực thuộc Bộ đã được tinh giảm đáng kể so với trước khi hợp nhất hai Bộ. Cụ thể, bước đầu đã giảm 63/301 đầu mối cấp phòng trực thuộc các đơn vị so với cơ cấu trước đây, giảm 3/3 phòng thuộc Văn phòng thuộc Tổng cục và tương đương, ngoài ra, giảm 3/35 Chi cục thuộc Cục trực thuộc Bộ.
Đối với tổ chức bên trong các đơn vị sự nghiệp, bước đầu sau khi hoàn thành ban hành Quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của đơn vị, dự kiến số lượng các tổ chức bên trong các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ còn 635 tổ chức, giảm 435/1070 tổ chức, tương ứng với tỷ lệ giảm 40,7%.
Quá trình triển khai Nghị định số 35/2025/NĐ-CP, Bộ Nông nghiệp và Môi trường cho biết có một số khó khăn vướng mắc, trong đó một số nhiệm vụ như khai thác khoáng sản chiến lược, phát triển điện gió ngoài khơi, quản lý an toàn thực phẩm cần có thêm quy chế phối hợp với các bộ, ngành khác để công tác quản lý nhà nước đạt hiệu quả cao hơn.
Cơ cấu tổ chức bên trong một số đơn vị vẫn còn nhiều đầu mối, chưa thật sự tinh gọn trong sắp xếp bộ máy, chưa thống nhất trong mô hình tổ chức giữa các đơn vị trong Bộ về đầu mối các đơn vị tham mưu tổng hợp, quản trị nội bộ. Ngoài ra, bộ máy, biên chế làm công tác chuyên môn còn chưa được tăng cường để đảm bảo đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ.
