Theo quyết định, đoàn đàm phán có nhiệm vụ giúp Thủ tướng trong việc xây dựng các chủ trương, chiến lược, kế hoạch, phương án đàm phán tổng thể tham gia các điều ước quốc tế, thoả thuận quốc tế về kinh tế và thương mại của Việt Nam; đề xuất mục tiêu, quan điểm và lộ trình đàm phán với các đối tác theo các hình thức linh hoạt, phù hợp.
Đoàn đàm phán có nhiệm vụ cũng có nhiệm vụ xây dựng phương án đàm phán, tổ chức thực hiện đàm phán và triển khai kết quả đàm phán ở các cấp độ, phạm vi khác nhau trên cơ sở phương án tổng thể và kết quả đàm phán sau khi đã được Thủ tướng và cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Cơ quan này sẽ phối hợp các bộ, ngành theo dõi, đánh giá và đề xuất các giải pháp tháo gỡ vướng mắc trong quá trình thực thi các điều ước quốc tế, thoả thuận quốc tế về kinh tế và thương mại của Việt Nam.
Theo quyết định, Bộ trưởng Bộ Công Thương làm Trưởng đoàn đàm phán Chính phủ.
Các Phó Trưởng đoàn gồm một Thứ trưởng Bộ Công Thương - Phó Trưởng đoàn Thường trực, giúp Trưởng đoàn điều phối hoạt động chung; một Thứ trưởng Bộ Tài chính - Phó Trưởng đoàn phụ trách các lĩnh vực trong phạm vi chức năng, nhiệm vụ của Bộ Tài chính.
Phó Trưởng đoàn còn có sự tham gia của một thứ trưởng Bộ Ngoại giao, phụ trách công tác đối ngoại, vận động ngoại giao, quan hệ song phương, đa phương trong đàm phán kinh tế thương mại và các lĩnh vực khác theo yêu cầu.
Các thành viên của Đoàn gồm Thứ trưởng các Bộ: Nông nghiệp và Môi trường; Khoa học và Công nghệ; Tư pháp; Văn hóa, Thể thao và Du lịch; Công an; Y tế; Nội vụ…
Trong trường hợp cần thiết, theo đề nghị của Trưởng đoàn đàm phán Chính phủ, Thủ tướng xem xét, quyết định bổ sung thành viên là lãnh đạo các bộ, ngành, cơ quan liên quan khác.
Các Nhóm đàm phán cấp kỹ thuật của Đoàn đàm phán Chính phủ được thành lập theo yêu cầu của từng hiệp định, thỏa thuận thương mại quốc tế và đại diện tham gia là các cán bộ công chức cấp kỹ thuật từ các bộ, ngành liên quan, có thể huy động các chuyên gia tư vấn trong trường hợp cần thiết…
Trong trường hợp đặc biệt, Thủ tướng quyết định thành lập các Đoàn đàm phán để xử lý các vấn đề chiến lược, khẩn cấp liên quan đến lợi ích quốc gia. Thành phần, Trưởng đoàn và quy chế hoạt động của các Đoàn đàm phán này do Thủ tướng quyết định.
