Chùa Thiên Lai được hình thành từ thế kỷ XIII, thuộc thiền phái Trúc Lâm Yên Tử, thời kỳ Phật giáo Đại Việt đạt đến đỉnh cao hưng thịnh. Trải qua bao biến thiên của lịch sử, chùa vẫn lưu giữ hai tòa tháp cổ – minh chứng cho truyền thống tín ngưỡng lâu đời của vùng đất Kinh Bắc. Năm 2009, chùa được công nhận là di tích lịch sử – văn hóa cấp tỉnh.
Không chỉ là nơi tu tập, Thiên Lai còn là căn cứ quan trọng của Việt Minh trong thời kỳ tiền khởi nghĩa và kháng chiến chống Pháp.
Đến năm 1988, nhân dân địa phương phục dựng lại chùa, song cơ sở vật chất nhanh chóng xuống cấp sau gần ba thập niên dầm mưa gió. Trước yêu cầu bảo tồn di sản và đáp ứng nhu cầu sinh hoạt tín ngưỡng, năm 2019, Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo tỉnh Bắc Giang (nay là Bắc Ninh) đã tổ chức khởi công trùng tu toàn bộ quần thể chùa.
Sau 6 năm thi công, chùa Thiên Lai hôm nay đã trở thành một quần thể kiến trúc tâm linh khang trang, gồm chùa chính 3 tầng với tổng diện tích sàn hơn 7.000m², và tháp 7 tầng cao 54,7m. Tổng kinh phí khoảng 85 tỷ đồng, hoàn toàn từ nguồn xã hội hóa, sự đóng góp của phật tử, doanh nghiệp và nhân dân trong – ngoài tỉnh.
Tại lễ khánh thành, Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Bắc Ninh công bố Ban quản trị chùa Thiên Lai gồm 5 thành viên, do Đại đức Thích Trúc Bảo Tiến, trụ trì chùa, làm Trưởng ban.
Đại diện Giáo hội Phật giáo Việt Nam xin bày tỏ lòng tri ân sâu sắc tới chính quyền các cấp đã tạo điều kiện thuận lợi; cảm ơn Ban kiến thiết, đội ngũ thi công và đặc biệt là công đức của quý Phật tử đã phát tâm hộ trì Tam bảo để công trình được hoàn thành viên mãn và tin tưởng với diện mạo mới, chùa Thiên Lai sẽ tiếp tục lan tỏa tinh thần từ bi – trí tuệ – hòa hợp, đóng góp tích cực vào đời sống văn hóa, đạo đức xã hội; là điểm tựa tâm linh cho nhân dân, cũng như là nơi gìn giữ và phát huy những giá trị tốt đẹp của Phật giáo Việt Nam trong thời kỳ mới.
Nhân dịp khánh thành, chùa Thiên Lai đã trao 100 triệu đồng ủng hộ Quỹ Vì người nghèo tỉnh Bắc Ninh, gửi tới bà con chịu ảnh hưởng nặng nề bởi mưa lũ. Nghĩa cử này tiếp tục khẳng định truyền thống “hộ quốc an dân”, tinh thần từ bi – cứu khổ, chung sức vì cộng đồng của Phật giáo Việt Nam suốt nhiều thế kỷ qua.