Theo đánh giá của cơ quan thanh tra, Ban chỉ đạo đề án còn hoạt động mang tính hình thức, những tồn tại, vướng mắc của các địa phương trong quá trình thực hiện đề án chưa kịp thời phát hiện, chưa có biện pháp xử lý hữu hiệu và tháo gỡ như: Việc quy hoạch mạng lưới các trường phổ thông dân tộc nội trú (PTDTNT), kế hoạch sử dụng học sinh dân tộc, việc chậm cấp kinh phí, định mức biên chế giáo viên và cán bộ quản lý học sinh, chế độ ăn, thưởng cho học sinh DTNT.
Bên cạnh đó, đề án không có nội dung cung cấp trang thiết bị dạy học cho các trường được xây mới, dẫn đến cơ sở vật chất các trường không đồng bộ, không quy định rõ trách nhiệm của UBND tỉnh trong việc tổ chức và huy động các nguồn lực tại địa phương để lồng ghép thực hiện đầy đủ các hoạt động của đề án.
Mặt khác, việc bố trí nguồn vốn cho các dự án đã được phê duyệt còn chậm, thiếu, dẫn đến nhiều dự án kéo dài thời gian thực hiện so với kế hoạch đề ra; có dự án không thể triển khai được sau khi phê duyệt, gây lãng phí trong đầu tư… Trong khi đó, việc kiểm tra, đánh giá kết quả triển khai thực hiện đề án trong phạm vi cả nước còn hình thức, chủ yếu là hướng dẫn, ghi nhận những khó khăn vướng mắc trong quá trình thực hiện đề án tại địa phương. TTCP đánh giá, những thiếu sót, khuyết điểm trên cho thấy Bộ GD-ĐT và Ban điều hành đề án thực hiện chưa đầy đủ nhiệm vụ theo quy định tại Quyết định số 1640/QĐ-TTg.
Tại 12 địa phương (Bắc Kạn, Lạng Sơn, Sơn La, Lào Cai, Nghệ An, Gia Lai, Đắk Lắk, Bình Định, Bình Phước, An Giang, Trà Vinh, Sóc Trăng), TTCP phát hiện vi phạm trong việc chấp hành quy định của pháp luật về đầu tư xây dựng cơ bản còn khá phổ biến ở các dự án đầu tư xây dựng. Công tác lập dự toán thiết kế áp sai mã hiệu, sai hệ số, sai đơn giá, tính thiếu hoặc thừa khối lượng.
Theo đó, TTCP kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ GD&ĐT và UBND các tỉnh có liên quan tổ chức kiểm điểm tập thể, cá nhân trong việc chưa thường xuyên hướng dẫn, đôn đốc, kiểm tra, đánh giá việc thực hiện các hoạt động của đề án, chưa xây dựng website và chưa xây dựng được hệ thống cơ sở dữ liệu chung cho hệ thống trường PTDTNT; cũng như liên quan đến các vi phạm trong việc đầu tư, xây dựng các trường PTDTNT.
