Năm học 2015 - 2016, trường tuyển mới được 16 HS lớp 1, toàn trường hiện chỉ có 80 HS. Mỗi khối chỉ có 1 lớp, lớp có sĩ số HS nhiều nhất là 20 em (lớp 2), ít nhất có lớp chỉ có 11 HS (lớp 4). Trong khi đó, cơ sở vật chất trường học khá khang trang với dãy phòng học 2 tầng có 12 phòng học kiên cố  trong khuôn viên rộng 8.000 m²; và vẫn đảm bảo bộ máy tổ chức trường học với 17 cán bộ, giáo viên.

Khuôn viên trường rộng 8.000 m² nhưng trường chỉ có 80 học sinh.

Dãy phòng học có đến 12 phòng nhưng mỗi khối chỉ có 1 lớp; lớp nhiều nhất chỉ có 20 học sinh

Theo cô Trương Thị Hồng Anh, Hiệu trưởng nhà trường, trường được đầu tư xây dựng mới từ năm 2009 nhưng hoàn tất giai đoạn 1 thì dừng do sĩ số HS quá ít, nên không tiếp tục mở rộng quy mô trường lớp ở các giai đoạn tiếp theo. 

Nguyên nhân trường ít HS do trường tiểu học tuyển sinh đúng tuyến theo quy định, song trường lại nằm ở khu vực giải tỏa, biến động dân số, thêm vào đó người dân được bố trí đất tái định cư lại xây dựng nhà hàng, khách sạn... nên số trẻ em trong độ tuổi đến trường ở khu dân cư rất ít.

Mặc dù ít HS song nhà trường vẫn luôn động viên cán bộ, giáo viên duy trì thi đua dạy học tốt, đảm bảo chất lượng giáo dục ở trường học. Trường học ít HS, dễ quản lý; tuy nhiên không khí trường học buồn tẻ, đơn điệu.Để tránh gây lãng phí cơ sở vật chất trường học, Phòng GD-ĐT quận Sơn Trà đã có đề xuất chuyển đổi trường Tiểu học Nguyễn Văn Thoại thành trường THCS để điều tiết, giảm tải cho các trường THCS khác trên địa bàn quận.

Trao đổi với PV, ông Nguyễn Đắc Xứng - Phó Chủ tịch UBND quận Sơn Trà xác nhận trường ít HS do nằm ở khu vực giải tỏa, việc bố trí tái định cư chưa lấp đầy các lô. UBND Quận đã có chủ trương chuyển đổi trường Tiểu học Nguyễn Văn Thoại thành trường THCS để điều tiết, giảm tải cho các trường THCS tổ chức dạy học ngày 2 buổi như phương án đề xuất nói trên.