Tuy nhiên, cuốn sách nằm trong bộ sách được xuất bản năm 2009. Sau khi phát hành, nhận thấy có một vài chi tiết chưa thực sự chính xác, hình ảnh chưa phù hợp với đối tượng độc giả nhỏ tuổi nên NXB GD VN đã ngừng xuất bản.
Nhà xuất bản GD VN cũng đã nghiêm túc kiểm điểm các biên tập viên liên quan và không tái bản cuốn sách này. Sau khi có phản ánh từ dư luận, NXB GD VN đã có công văn gửi đơn vị phát hành thu hồi những bản sách “Trưng Nữ Vương khởi nghĩa Mê Linh” còn lưu hành trên thị trường.
Trước đó, trên các trang mạng xã hội nhiều bạn đọc bày tỏ bức xúc về việc một cuốn truyện tranh lịch sử “Trưng Nữ Vương khởi nghĩa Mê Linh” của NXB Giáo dục Việt Nam có nội dung và tranh vẽ thiếu chính xác, dẫn tới gây phản cảm, đặc biệt khi cuốn sách đó dành riêng cho lứa tuổi thiếu nhi.
Theo lời giới thiệu trên cuốn sách, đây là ấn phẩm được xuất bản phỏng theo tác phẩm dự thi cuộc thi Biên soạn truyện tranh lịch sử theo SGK lịch sử hiện hành của Nguyễn Thị Thu Hương, tranh của họa sĩ Nguyễn Đông Hải.
Các chi tiết gây bức xúc cho độc giả nằm ở hai trang 30 – 31, trong đoạn văn sau: Thấy khí thế Hai Bà Trưng quật cường, khó bề thắng, Mã Viện liền hạ kế bắt quân sỹ cởi truồng mà giao chiến. Các đội nữ binh của hai Bà trông thấy rất xấu hổ, ngượng ngùng quay đi, nhuệ khí vì thế mà suy giảm rất nhiều. Lợi dụng tình hình đó, Mã Viện thúc quân xông lên làm cho quân Hai Bà phải thua. Trưng Vương buộc phải rút quân về giữ Cấm Khê (nay thuộc Vĩnh Phúc). Lực lượng quân Mã Viện quá lớn, lại giở trò quỷ quyệt khiến các đội nữ binh phải bỏ chạy. Mã Viện thừa thế xua quân truy đuổi ráo riết…. Còn tranh vẽ ở trang 30 là có hình ảnh quân của Mã Viện không mặc quần giơ gươm kiếm lên khiến cho các nữ binh sĩ của Hai Bà Trưng phải xấu hổ che mặt. Các độc giả trên mạng xã hội còn nhận xét tranh của cuốn truyện vừa xấu xí kỳ dị vừa không phản ánh chân thực trang phục giai đoạn lịch sử mà Hai Bà Trưng sống.
Trao đổi với báo giới, một số nhà sử học cũng như giáo viên dạy môn lịch sử khẳng định trong các tài liệu lịch sử, họ chưa bao giờ đọc được thông tin quân Mã Viện cởi truồng khi giao chiến với quân của Hai Bà Trưng.
