Theo cáo trạng trước đó, Phương được xác định đã nhắn tin đe dọa Chủ tịch UBND và Giám đốc Công an tỉnh Bắc Ninh và bị truy tố tội “Khủng bố”. Liên quan vụ án, Trần Anh Thuận (SN 1981, ở TP Bắc Ninh) cũng bị truy tố về tội “Không tố giác tội phạm”.
Sau đó, VKSND tỉnh Bắc Ninh quyết định trả hồ sơ, đề nghị điều tra bổ sung. Quá trình điều tra, Công an Bắc Ninh cho rằng hành vi của Trần Anh Thuận không còn nguy hiểm cho xã hội nên ra quyết định đình chỉ vụ án, đình chỉ bị can với Thuận.
Đáng chú ý, ngày 16/10, cơ quan điều tra ra quyết định thay đổi khởi tố bị can với Nguyễn Trọng Phương từ tội “Khủng bố” sang “Đe dọa giết người”
Nội dung vụ án cho thấy, năm 2015, Cty của Phương bị UBND tỉnh Bắc Ninh bác yêu cầu được nạo vét và tận thu trên sông Đuống. Ngược lại, Cty của anh Ngô Thành Sơn (có hiềm khích với Phương) được nạo vét sông Cầu thuộc địa phận tỉnh Bắc Giang.
Tháng 11/2016, Phương biết anh Sơn và Thuận xảy ra mâu thuẫn nên bàn bạc với Thuận việc nhắn tin đe dọa lãnh đạo tỉnh Bắc Ninh nhưng Thuận không thực hiện.
Phương dự kiến, khi nhận tin nhắn, lãnh đạo tỉnh sẽ sợ và đồng ý cấp phép cho các Cty nạo vét. Trường hợp lãnh đạo tỉnh kiên quyết không chấp nhận, xử lý kẻ nhắn tin thì mọi hướng nghi ngờ sẽ tập trung vào Sơn.
Sau đó, Phương mua điện thoại, sim “rác” rồi nhắn tin đe dọa 2 cán bộ lãnh đạo Bắc Ninh gồm ông Nguyễn Tử Quỳnh – Chủ tịch UBND tỉnh; ông Phạm Hồng Sơn – Giám đốc Công an tỉnh với những nội dung như: “Ông vất vả việc bao che vây cánh của ông, tôi vất vả ngược xuôi vì miếng cơm manh áo… đợt tới Cục Đường thủy nội địa sẽ có công văn chỉ thị xuống cho ông…; Ông biết vụ Yên Bái như nào rồi chứ gì”…
