Theo đó, đối tượng Nguyễn Trọng Phương (37 tuổi, trú ở Ba Đình, Hà Nội) bị khởi tố về tội 'Khủng bố', còn đối tượng Trần Anh Thuận (36 tuổi, ở Bắc Ninh) bị khởi tố về tội 'Không tố giác tội phạm'.
Hai đối tượng này đã bị bắt giữ vào ngày 1/4 và đã khai nhận là người của một số đơn vị hoạt động trong lĩnh vực khai thác cát song không phải người thuộc công ty nạo vét, khơi thông luồng đường thủy nội địa kết hợp tận thu sản phẩm trên sông Cầu, tỉnh Bắc Ninh. Động cơ của việc nhắn tin đe doạ lãnh đạo tỉnh Bắc Ninh là để gây ảnh hưởng đến hoạt động khai thác cát trên địa bàn và tranh giành bến bãi.
Trước đó, UBND tỉnh Bắc Ninh đã có văn bản gửi Thủ tướng Chính phủ đề nghị chỉ đạo Bộ Công an vào cuộc điều tra làm rõ các đối tượng có hành vi đe dọa Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh cùng một số cán bộ, lãnh đạo sở, ban ngành sau khi địa phương này đề nghị tạm dừng dự án nạo vét, khơi thông luồng đường thủy nội địa, kết hợp tận thu sản phẩm trên song Cầu vì cho rằng trong quá trình thực hiện dự án đã xảy ra tình trạng hút cát trái phép.
Cụ thể, ngày 9/3, ông Nguyễn Hữu Thành, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh đã ký công văn số 55/UBND–NT.TN nêu nội dung liên quan đến dự án nạo vét, duy tu luồng đường thủy nội địa kết hợp tận thu sản phẩm trên sông Cầu. Về việc này, UBND tỉnh Bắc Ninh đã ra văn bản đề nghị dừng thực hiện dự án và khẳng định, trên toàn tuyến sông Cầu không có đoạn cạn theo quy định; không có phương tiện thủy nội địa mắc cạn nếu đi đúng trọng tải và đúng luồng…
UBND tỉnh Bắc Ninh cũng cho biết, ngày 10/2, đã nhận được đơn kiến nghị của 17 chủ phương tiện tàu thủy phản ánh đoạn sông Cầu có nhiều đoạn cạn, gây ảnh hưởng đến việc vận chuyển hàng hóa đi lại của các phương tiện. Theo xác định của công an, các phương tiện thủy nội địa lưu thông của 17 chủ phương tiện nêu trên là không đúng quy định về trọng tải. Cụ thể, tuyến sông Cầu là sông III, phương tiện thủy nội địa có trọng tải đến 300 tấn được di chuyển vào nhưng toàn bộ 17 phương tiện nói trên đều có trọng tải từ 498 tấn đến 888 tấn.
Đến ngày 2/3, UBND tỉnh Bắc Ninh lại nhận được các văn bản của Bộ GTVT và Cục đường thủy nội địa Việt Nam về việc thực hiện dự án nạo vét luồng đường thủy nội địa quốc gia kết hợp tận thu sản phẩm các đoạn từ Km1+000-Km30+000 trên sông Cầu. Tuy nhiên, UBND tỉnh Bắc Ninh cho rằng, các văn bản này không đúng tinh thần buổi làm việc giữa Bộ trưởng Bộ GTVT với Tỉnh ủy, UBND tỉnh Bắc Ninh ngày 23/2/2017. Theo đó, UBND tỉnh Bắc Ninh đề nghị không cho tiếp tục triển khai thực hiện dự án nạo vét luồng đường thủy nội địa quốc gia kết hợp tận thu sản phẩm các đoạn từ Km1+000-Km30+000 trên sông Cầu.
Cùng với đó, UBND tỉnh Bắc Ninh cũng đề nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Công an vào cuộc điều tra nguyên nhân sự việc, điều tra các cá nhân từ T.Ư đến địa phương đứng sau bảo kê, đe dọa cán bộ chuyên môn, lãnh đạo sở, ngành và Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh, làm sự việc ngày càng trở nên nghiêm trọng.
Sau một thời gian tổ chức điều tra, xác minh, đến nay Cục CSHS – Bộ Công an đã phối hợp với Công an tỉnh Bắc Ninh xác định được 2 đối tượng liên quan đến việc nhắn tin đe dọa Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh cùng nhiều cán bộ khác. Hiện các đối tượng này đang bị tạm giữ để tiếp tục điều tra làm rõ.
Trong một diễn biến khác, ngay sau khi UBND tỉnh Bắc Ninh đề nghị Bộ Công an vào cuộc điều tra, Chi cục trưởng Đường thuỷ phía Bắc (trực thuộc Cục đường thuỷ nội địa) đã ký quyết định tạm đình chỉ công tác đối với 3 cán bộ thuộc Đội Thanh tra – An toàn đường thuỷ số 2 (quản lý luồng sông Cầu qua Bắc Ninh – Bắc Giang). Các thanh tra viên trực tiếp làm nhiệm vụ tại địa bàn này sẽ bị xem xét trách nhiệm trong việc để xảy ra nạn hút cát trái phép trên địa bàn quản lý và việc không báo cáo kịp thời với cơ quan cấp trên….