Theo BHXH Việt Nam, hiện việc sử dụng quỹ khám chữa bệnh BHYT vẫn là vấn đề “nóng”. Năm 2018, Quỹ đã chi 95.921 tỷ đồng, vượt 4.782 tỷ đồng so với dự toán.
Trong 8 tháng năm 2019 đã chi trên 68.314 tỷ đồng (bằng 75,05% so với dự toán giao cả năm 2019). Qua hệ thống giám định BHYT điện tử, năm 2018, tổng số tiền bị từ chối thanh toán trên 2.268 tỷ đồng. Trong 8 tháng năm 2019, từ chối thanh toán 441,3 tỷ đồng.
Hệ thống cũng phát hiện và cảnh báo nhiều vấn đề bất thường như: Tỷ lệ phẫu thuật viêm phúc mạc ruột thừa cao bất thường; tình trạng khám bệnh từ 45 lần trở lên, khám chữa bệnh nhiều lần.
Đặc biệt, vẫn còn tình trạng lạm dụng, trục lợi Quỹ tại một số địa phương như: Thu gom bệnh nhân, lập khống hồ sơ, tình trạng mượn thẻ BHYT để đi khám chữa bệnh…