Rùa ở hồ Đồng Mô là cá thể duy nhất được tìm thấy cùng loài Rafetus swinhoei với Cụ Rùa tại Việt Nam nên được đề xuất cho sự thay thế này. Nhưng Chương trình Bảo tồn rùa châu Á (ATP) cho rằng xét từ nhiều khía cạnh, phương án này không khả thi.
Theo ATP, vấn đề đầu tiên là chất lượng nước hồ Hoàn Kiếm. Dù chính quyền thành phố đã có nhiều nỗ lực cải tạo chất lượng nước hồ sau khi phát hiện và chữa trị các vấn đề về sức khỏe của rùa Hoàn Kiếm vào năm 2011, nhưng nước ở hồ này chưa bao giờ được xử lý hoàn toàn sạch để là nơi lý tưởng cho rùa sinh sống.
Việc chuyển động vật đang sống trong môi trường tự nhiên đến một khu vực bị ô nhiễm nặng sẽ dẫn đến bị ngộ độc và chết. Hiện tượng này đã từng xảy ra đối với các loài thủy sinh như cá, rùa và một số loài khác. Theo ATP, cần kiểm tra và phân tích mẫu nước để đánh giá chính xác chất lượng nước hồ Hoàn Kiếm trước khi ra quyết định lựa chọn phương án.
Theo các chuyên gia của ATP, những con rùa sống trong môi trường tự nhiên nhiều năm, tập tính đã quen với sự trú ẩn an toàn ở khu vực hoang dã rộng lớn, vắng vẻ, sẽ bị căng thẳng, hoảng loạn nếu bị thay đổi môi trường đột ngột sang một nơi ồn ào, đông đúc bởi hoạt động của con người và thiếu nơi trú ẩn.
Đối với nhiều loài rùa, tình trạng căng thẳng có thể gây ra các bệnh kéo dài khiến cho con vật bị ốm và dẫn đến tử vong, thường gặp ở những cá thể hoang dã bị bắt rồi chuyển về môi trường nuôi nhốt.
Xét về không gian, hồ Hoàn Kiếm có diện tích 12ha, chỉ nhỏ bằng gần 100 lần so với hồ Đồng Mô rộng gần 1400ha. Thêm vào đó, nguồn thực vật phong phú và các bãi đất/cát hoang vắng cho rùa sưởi nắng hay sinh sản là những điều kiện còn rất hạn chế ở hồ Hoàn Kiếm cho một môi trường sống thuận lợi của rùa.
Ngoài ra, hồ Hoàn Kiếm là trung tâm thành phố nên luôn có rất nhiều người đi lại quanh hồ. Cụ Rùa khi còn sống đã phải chịu nhiều mối đe dọa như rác thải, nạn câu cá trộm khiến rùa bị thương. ATP cho rằng những mối đe dọa trên chỉ có thể được giải quyết nếu hồ có hàng rào bảo vệ và tiến hành tuần tra liên tục, giám sát chặt chẽ quanh khu vực hồ. Với số lượng người đi lại quanh hồ hàng ngày đông đúc như vậy thì việc đảm bảo an toàn cho rùa là rất khó thực hiện.
Theo các chuyên gia của ATP, giải pháp lâu dài và bền vững là tiến hành bảo tồn và phục hồi loài rùa Hoàn Kiếm, tạo ra các thế hệ kế tiếp và đảm bảo các điều kiện phù hợp nhằm ngăn chặn sự tuyệt chủng của loài rùa quý. Đây chính là việc làm cần thiết có ý nghĩa cả về bảo tồn đa dạng sinh học và văn hóa lịch sử.
Việc đem rùa khác về thay thế trong hồ Hoàn Kiếm, nếu đáp ứng điều kiện lý tưởng là rùa không phải đối mặt với các vấn đề như chất lượng môi trường, bệnh tật, nguy hiểm có thể duy trì được vài chục năm, hoặc dài hơn là 100 năm nhưng không phải là giải pháp triệt để. Đem cá thể rùa Đồng Mô về hồ Hoàn Kiếm trong lúc này đồng nghĩa với việc loại cá thể này ra khỏi các chương trình bảo vệ sự sinh tồn của loài.
ATP cho biết rùa Hoàn Kiếm (Rafetus swinhoei) là loài động vật quý hiếm nhất trên giới, nay số lượng chỉ còn 3 cá thể. Không chỉ nổi tiếng ở Việt Nam mà thế giới cũng rất quan tâm đến loài rùa này. Khôi phục và nhân giống rùa cần một chương trình bảo tồn với tầm nhìn dài hạn, không hạn chế ở thời gian trước mắt
Các chuyên gia cho rằng trong giai đoạn quan trọng này cần lên kế hoạch thiết lập chương trình bảo vệ loài và tìm kiếm cơ hội nhân giống rùa. Tiềm năng khôi phục rùa Hoàn Kiếm là có thể, bởi một cá thể rùa cái có thể đẻ 50 – 100 trứng mỗi năm. Vì thế, nếu nhân giống thành công, số lượng rùa sẽ tăng lên rõ rệt làm nguồn giống cho các thế hệ tương lai.
Lúc đó, những cá thể rùa non có thể thả về hồ Hoàn Kiếm sau khi hồ được cải tạo và đáp ứng đủ điều kiện phù hợp cho sự sinh trưởng của rùa. Các cơ quan chính quyền và cộng đồng các tổ chức phi chính phủ (NGO) trong và ngoài nước cần phối hợp với nhau, đầu tư nghiên cứu, tìm kiếm các cá thể còn sót lại trong hoang dã, ghép đôi sinh sản và bảo vệ chúng.