Chương trình bảo tồn rùa châu Á (ATP) thông tin về loài Rùa Hoàn Kiếm như sau: Rùa Hoàn Kiếm (còn có tên là giải Swinhoe, Rafetus swinhoei) được mô tả lần đầu tiên năm 1873, nhưng thực tế có rất ít nghiên cứu về loài rùa mai mềm khổng lồ này. Năm 2011, Quỹ bảo tồn rùa (TCF) xếp rùa Hoàn Kiếm là một trong 25 loài rùa bị đe dọa cao nhất thế giới. Tổ chức bảo tồn thiên nhiên quốc tế IUCN xếp loài này vào mức cực kỳ nguy cấp (CR) năm 2010.
Đứng đầu trong danh sách các loài rùa đối mặt với nguy cơ tuyệt chủng, rùa Hoàn Kiếm còn bốn cá thể tồn tại được biết đến gồm: hai cá thể được ghép đôi tại Vườn thú Tô Châu, Trung Quốc, một cá thể ở hồ Hoàn Kiếm và cá thể cuối cùng được phát hiện tại hồ Đồng Mô, Hà Nội.
Tuy nhiên, PGS.TS Hà Đình Đức, nguyên giảng viên trường Đại học Khoa học Tự nhiên Hà Nội và GS.TS Lê Trần Bình – nguyên Viện trưởng Viện Công nghệ Sinh học, lại có ý kiến khác. Cả 2 chuyên gia này đều cho rằng, cụ rùa Hồ Gươm không phải là loài Rafetus swinhoei mà là một loài khác, hoàn toàn mới. Hai ông đề xuất hai tên gọi khác nhau cho loài rùa này. Theo đó, PGS Hà Đình Đức đề xuất tên Rafetus leloii để tưởng nhớ Vua Lê Lợi gắn với truyền thuyết cách đây bốn thế kỷ. Còn PGS.TS Lê Trần Bình lại đề xuất tên Rafetus vietnamensis.
Vậy cá thể rùa ở hồ Đồng Mô và cụ rùa Hồ Gươm có cùng loài? Tạp chí Sinh học số ra tháng 6/2011 đăng bản dịch nguyên bản từ tiếng Anh bài báo của các tác giả Balázs Farkas, Le Duc Minh và Nguyen Quang Truong công bố trên tạp chí Russian Journal of Herpetology. Nội dung bài báo phản biện về vấn đề phân loại học của loài Rùa Hồ Gươm ở Việt Nam của nhóm tác giả Lê Trần Bình và những người khác công bố trên tạp chí Công nghệ Sinh học. Phần tóm tắt bài báo nêu: "Do Lê Trần Bình và cộng sự không đưa ra được các đặc điểm xác đáng để có thể phân biệt được loài mới R. vietnamensi (rùa Hồ Gươm-PV) với loài đã biết R.swinhoei (rùa ở hồ Đồng Mô và hai cá thể ở Trung Quốc-PV) nên chúng tôi khẳng định hai loài này là một.
Bài báo phản biện đề xuất đặt tên mới cho Rùa Hồ Gươm của tác giả Lê Trần Bình và cộng sự trên các mặt danh pháp, đặc điểm chẩn loại, đặc điểm hình thái và phân tích sinh học phân tử. Từ đó, bài báo kết luận: Lê Trần Bình và cộng sự đã gây ra nhầm lẫn đáng tiếc trong việc mô tả loài Rafetus vietnamensis, trong đó phần thông tin về phân loại học không hoàn chỉnh, không phù hợp hoặc có sai sót, các dữ liệu quan trong hoặc còn thiếu hoặc bị thể hiện sai. Do đó cả hai tên loài Rafetus vietnamensis (GS Lê Trần Bình đề xuất) và Rafetus leloii (PGS Hà Đình Đức đề xuất) không có hiệu lực.
Thêm nữa, bài báo phân tích gen mới đây nhất (2013) của tác giả Lê Đức Minh, thuộc Trung tâm Nghiên cứu Tài nguyên và Môi trường (CRES), Đại học Quốc gia Hà Nội đăng trên tạp chí Organisms biodiversity & Evolution chỉ ra những mẫu vật ghi nhận về loài rùa này gồm mẫu rùa Hoàn Kiếm (mẫu lấy từ cụ rùa trong đợt cứu chữa năm 2011), mẫu rùa Đồng Mô, mẫu rùa tại Yên Bái, Phú Thọ, Ba Vì và mẫu 2 mẫu rùa bên Trung Quốc đều cùng loài và là loài Rafetus swinhoei. Sự khác biệt về gen ở những mẫu vật này là rất nhỏ, không đủ căn cứ để phân loại ra loài mới.
Như vậy, giới khoa học quốc tế khẳng định cụ rùa ở Hồ Gươm (vừa chết) cùng loài với cá thể rùa ở hồ Đồng Mô và hai cá thể đang được nuôi nhốt trong vườn thú của Trung Quốc. Điều này được các nhà khoa học thế giới công nhận qua danh sách các loài rùa thế giới vừa công bố năm 2014 (độc giả có thể download file qua keyword: “turtle of the world: 7th edition” ).
Cụ rùa hồ Gươm đã chết, số lượng loài xuống còn 3 cá thể, dẫn đến việc thực hiện bảo quản các mô sống của cụ rùa là việc làm cực kỳ cấp bách và cần thiết vì không có nhiều lựa chọn cho công tác bảo tồn loài rùa quý, hiếm này – ATP đề xuất.
