Theo Bộ Tài chính, tổng dự án thành phần của cả tuyến cao tốc Bắc - Nam gồm hơn 20 dự án thành phần, riêng giai đoạn 2017-2020 sẽ thực hiện 11 dự án. Trong 11 dự án này, có 8 dự án thực hiện theo hình thức BOT (xây dựng-kinh doanh-chuyển giao) và 3 dự án đầu tư công. Bộ Tài chính cho biết, chính Bộ GTVT cũng đánh giá, việc đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư hiện chưa thể khẳng định ngay sẽ thành công, như vừa qua đã đấu thầu chọn nhà đầu tư Dự án đường bộ cao tốc Dầu Giây-Phan Thiết và đường vành đai 3 TPHCM không thành công.
Bộ GTVT đề nghị bố trí vốn trái phiếu Chính phủ gần 42.000 tỷ đồng để thực hiện trước một số dự án thành phần cấp bách, như đoạn Ninh Bình-Thanh Hóa, Dầu Giây-Phan Thiết. Sau đó sẽ nhượng quyền khai thác, vốn thu được sẽ đầu tư cho các đoạn tiếp theo. Bộ GTVT cũng đề nghị cho Tổng Cty Phát triển Đường cao tốc Việt Nam (VEC) và Tổng Cty Cửu Long (CIPM) huy động nguồn lực để đầu tư một số dự án thành phần…
Tuy nhiên, Bộ Tài chính cho rằng, đề xuất thực hiện dự án cao tốc Bắc-Nam không thể hiện được tính khả thi, đồng bộ để triển khai. Ngoài ra, tiềm lực của VEC và CIPM còn rất hạn chế, một số khoản vay đầu tư đường của 2 đơn vị này ngân sách nhà nước vẫn phải tạm ứng trả nợ thay, một số phải chuyển sang cấp phát. Trong khi đó, CIPM vẫn đang thực hiện chủ yếu theo hình thức giao quản lý các dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước nên cũng khó khả thi.
Bộ Tài chính cũng đề nghị giao Bộ GTVT bổ sung đánh giá cụ thể tính khả thi về tài chính của các dự án thành phần dự kiến thực hiện theo hình thức BOT. Đồng thời, Bộ GTVT cần xem xét lại tính hợp lý của việc đầu tư ngân sách sau đó nhượng quyền khai thác cho phù hợp với quy định của Luật Ngân sách và hình thức đầu tư.
Ngoài ra, Bộ GTVT cho biết, các dự án thành phần đầu tư theo hình thức BOT, mức giá đường bộ được xác định ngay trong báo cáo tiền khả thi và hợp đồng đầu tư với mức giá và lộ trình tăng giá không thay đổi. Bộ Tài chính cho rằng, đề xuất này là chưa phù hợp với thẩm quyền và hình thức quy định giá sử dụng đường bộ.