Trong vụ án xảy ra tại Sở KH&ĐT Hà Nội, ngoài ông Nguyễn Đức Chung, CQĐT còn đề nghị truy tố 6 bị can liên quan về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”. Các bị can gồm: Nguyễn Văn Tứ - nguyên Giám đốc, Nguyễn Tiến Học, nguyên Phó giám đốc, Phạm Thị Kim Tuyến – nguyên Trưởng phòng Đăng ký kinh doanh, Phạm Thị Thu Hường, nguyên Chánh văn phòng Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội.
Ông Chung bị cáo buộc có vai trò xuyên suốt, là nguyên nhân chính dẫn đến sai phạm của các cán bộ sau này. Hành vi của các bị can gây thiệt hại hơn 26 tỷ đồng.
Liên quan đến vụ án, C03 cũng khởi tố Bùi Quang Huy - Tổng giám đốc Cty TNHH thương mại và dịch vụ Nhật Cường, tuy nhiên bị can này hiện đang bị truy nã quốc tế nên CQĐT sẽ xử lý sau khi bắt được bị can này.
Liên quan ông Nguyễn Đức Chung, ngày 11/12/2020, TAND TP Hà Nội đã phạt vị này 5 năm tù về tội “Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước” do có hành vi chiếm đoạt tài liệu điều tra vụ án Nhật Cường. Một tuần sau, Ban chấp hành Trung ương khóa XII quyết định khai trừ ông Chung ra khỏi Đảng.