Theo cáo trạng, đêm 15/8/2003, Chung đến quán tạp hóa của chị Nguyễn Thị Hoan tại thôn Me, xã Nghĩa Trung, huyện Việt Yên, tỉnh Bắc Giang để mua dầu gội đầu, thấy trong tủ kính bán hàng có hộp đựng tiền nên Chung đã sát hại chủ quán để cướp tiền cùng 2 chiếc nhẫn vàng trên tay nạn nhân. Sau khi gây án, Chung bỏ trốn vào Đắk Lắk sinh sống… để rồi ông Nguyễn Thanh Chấn đã bị quy là hung thủ gây án, bị tù oan hơn 10 năm.
Sau khi Lý Nguyễn Chung bị bắt, ngày 9/3/2015, TAND tỉnh Bắc Giang đã đưa bị cáo này ra xét xử về hai tội “giết người” và tội “cướp tài sản”. Tuy nhiên, sau vài giờ xét hỏi, Hội đồng xét xử đã quyết định trả hồ sơ điều tra bổ sung để làm rõ việc bị cáo Chung có đồng phạm hay không khi gây án. Đến nay, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã hoàn tất kết luận điều tra bổ sung chuyển hồ sơ sang Viện KSND tối cao và đề nghị truy tố bị can Lý Nguyễn Chung về 2 tội danh nêu trên.
Cơ quan CSĐT xác định, trên cơ sở các chứng cứ, lời khai, nhân chứng và người thân của Chung cho thấy, chỉ có Lý Nguyễn Chung giết hại chị Nguyễn Thị Hoan và tháo 2 nhẫn vàng trên tay nạn nhân (các hành vi gây án này đã được thực nghiệm điều tra). Qua kiểm sát điều tra vụ án này cho thấy kết luận điều tra bổ sung từ Cơ quan CSĐT, Bộ Công an đã đáp ứng các yêu cầu của Tòa án, như cáo trạng trước đó đã viện dẫn.