Từ 2012 đến nay, Cục Hàng hải Việt Nam trực tiếp tuyển dụng 8 trường hợp. Đối với 2 trường hợp là viên chức, Cục Hàng hải Việt Nam chưa lập kế hoạch báo cáo Bộ trưởng phê duyệt trước khi tuyển dụng và chưa báo cáo kết quả với Bộ GTVT và Bộ Nội vụ sau khi tuyển dụng. Đối với 2 trường hợp không phải công chức, viên chức, Cục cũng chưa lập kế hoạch báo cáo Bộ trưởng phê duyệt trước khi tuyển dụng và chưa có văn bản đề nghị Bộ GTVT thống nhất ý kiến với Bộ Nội vụ trước khi ra quyết định tuyển dụng.
Qua kiểm tra 50 hồ sơ công chức tại cơ quan Cục và các hồ sơ tại 2 chi cục, Đoàn Thanh tra phát hiện 2 trường hợp công chức ngạch chuyên viên chưa có chứng chỉ quản lý nhà nước ngạch chuyên viên. Đối với công tác quy hoạch công chức, hầu hết các vị trí chức danh đều chưa duy trì được cơ cấu 3 độ tuổi và giãn cách giữa các độ tuổi là 5 năm theo quy định. Nhiều chức danh trong quy hoạch mới chỉ có 1 người, như giai đoạn 2011 – 2016 có 17 chức danh, quy hoạch 1 người, giai đoạn 2016 – 2021 có 22 chức danh, quy hoạch 1 người. Điều này không đúng quy định mà Bộ GTVT đưa ra.
Năm 2014, Cục Hàng hải Việt Nam công nhận danh hiệu “Lao động tiên tiến” cho cán bộ nghỉ ốm từ đầu năm đến tháng 9/2014 và cán bộ thuyên chuyển công tác từ tháng 10/2014, nhưng hồ sơ xét khen thưởng chưa có ý kiến nhận xét của đơn vị cũ là chưa đúng quy định. Các tập thể, cá nhân được khen thưởng hằng năm trong giai đoạn 2012 – 2014 chưa nhận được tiền thưởng.
Năm 2014, tỷ lệ cá nhân tại Chi cục Hải Phòng đạt danh hiệu “Chiến sỹ thi đua cơ sở”, “Lao động tiên tiến” lên đến 61,5% là không đúng quy định của Bộ Nội vụ (không quá 15%).
