Cục Y tế Giao thông vận tải gồm 5 tổ chức tham mưu giúp việc Cục trưởng và 3 trung tâm: Trung tâm Bảo vệ sức khỏe lao động và môi trường Giao thông vận tải, Trung tâm Giám định y khoa Giao thông vận tải, Trung tâm dạy nghề y tế Giao thông vận tải. Cục Y tế này sẽ được tổ chức lại để thành lập Trung tâm Y tế - Môi trường lao động Giao thông vận tải.
Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Giao thông vận tải xây dựng, trình Chính phủ dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định số 12/2017/NĐ-CP ngày 10/2/2017 của Chính phủ; trình Thủ tướng Chính phủ quyết định việc thành lập Trung tâm Y tế - Môi trường lao động Giao thông vận tải trên cơ sở tổ chức lại Cục Y tế Giao thông vận tải…
Bộ Giao thông vận tải phối hợp với Bộ Tài chính, Bộ Nội vụ, UBND các tỉnh, thành (nơi có trụ sở của các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh, điều dưỡng, phục hồi chức năng) và các cơ quan liên quan thực hiện việc bàn giao nguyên trạng 16 cơ sở khám bệnh, chữa bệnh, điều dưỡng, phục hồi chức năng thuộc Cục Y tế Giao thông vận tải về địa phương quản lý.
Theo đó, UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương sẽ tiếp nhận nguyên trạng các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh, điều dưỡng, phục hồi chức năng thuộc Cục Y tế Giao thông vận tải có trụ sở trên địa bàn để quản lý theo quy định; điều chuyển biên chế viên chức; rà soát, sắp xếp lại, bố trí sử dụng nhà, đất và các tài sản khác theo tiêu chuẩn, định mức và chế độ quy định của pháp luật.
