Theo Chủ nhiệm Ủy ban Khoa học Công nghệ và Môi trường của Quốc hội Phan Xuân Dũng, do còn ý kiến khác nhau nên Ủy ban Thường vụ Quốc hội trình ra 2 phương án. Trong đó:
Phương án 1, tích hợp 1 loại giấy phép môi trường, gồm cả nội dung cấp phép xả nước thải vào công trình thủy lợi, thay thế cho 7 loại giấy tờ thủ tục hành chính cấp phép về môi trường. Trong đó bao gồm cả giấy phép xả nước thải vào công trình thủy lợi do Bộ NN&PTNT cấp.
Bộ TN&MT cho rằng, phương án 1 sẽ giải quyết được nhiều vấn đề, vì các giấy phép này đều được cấp dựa trên báo cáo đánh giá tác động môi trường (ĐTM), nội dung quản lý nước thải trong các giấy phép này cơ bản giống nhau.
Còn phương án 2, vẫn có giấy phép “xả nước thải vào công trình thủy lợi” như đã được quy định trong Luật Thủy lợi. Ý kiến ủng hộ cho rằng, phương án này sẽ bảo đảm việc kiểm tra, giám sát thường xuyên, phát hiện, ngăn chặn và xử lý kịp thời việc xả nước thải vào công trình thủy lợi.
Theo đại biểu Nguyễn Thị Lệ Thuỷ (Bến Tre), đề xuất tích hợp các giấy phép xả thải vào môi trường là điểm mới, tiến bộ và khả thi. Theo bà Thủy, các loại giấy phép hiện nay như giấy xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường, giấy phép xả nước thải vào nguồn nước, giấy phép xả nước thải vào công trình thuỷ lợi đều được cấp dựa trên ĐTM, các quy chuẩn môi trường…
Cũng theo đại biểu đoàn Bến Tre, việc quản lý nước thải trong các giấy phép này về bản chất cũng giống nhau, điều này có nghĩa nội dung xả nước thải hiện đang chịu quản lý bởi hai thủ tục hành chính khác nhau.
“Qua giám sát, doanh nghiệp phản ánh rất nhiều, khi đã cấp giấy phép có nghĩa đi kèm là kiểm tra, thanh tra và như vậy có nhiều ngành kiểm tra, thanh tra kết luận nhiều nội dung giống nhau”, bà Thủy cho rằng, việc phân mảng như hiện nay không phù hợp với cách tiếp cận quản lý tổng hợp môi trường nước mà đa số các quốc gia đang thực hiện. Vì vậy, bà ủng hộ tích hợp để giảm thủ tục hành chính.
Cùng quan tâm đến vấn đề này, đại biểu Nguyễn Sỹ Cương (Ninh Thuận) đồng tình với báo cáo của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội và cho rằng, đó là “một giấy phép mang nhiều ý nghĩa” trong lúc Chính phủ đang quyết tâm thực hiện cải cách hành chính. Việc này sẽ góp phần giảm thủ tục hành chính, phiền hà cho doanh nghiệp; đồng thời đảm bảo tính thống nhất, rõ trách nhiệm quản lý, tuân thủ nguyên tắc một cơ quan chịu trách nhiệm chính về việc này; ngoài ra cũng đảm bảo tiếp cận quản lý tổng hợp đối với môi trường.
Tuy nhiên, đại biểu đoàn Ninh Thuận đề nghị trong nghị định hướng dẫn sau này cần làm rõ ràng cụ thể, nhất là giữa chức năng các bộ khác nhau, liên quan các luật trước cũng cần có hướng dẫn cụ thể để trong quá trình thực hiện dễ dàng.
