Tuy nhiên ở Mỹ trong những năm gần đây các chuyên gia dinh dưỡng nhận được nhiều than phiền về “thần đậu chống lão hóa” này. Một phụ nữ sau nhiều năm ăn các sản phẩm từ đậu tương bỗng thắc mắc “tôi không thể tìm ra lý do vì sao dạ dày tôi thường xuyên khó chịu, bụng đầy hơi và tâm trạng kém vui vô cớ?”. Hoặc có một số chị em sau đợt bồi dưỡng nước uống bột đậu nành nguyên chất lại bị mất kinh nguyệt hoặc rối loạn vòng kinh. Ban đầu họ nghi ngờ mình mắc bệnh tiêu hóa hoặc nội tiết, sau đó mối nghi ngờ dừng lại ở đậu nành.
Có khá nhiều công trình nghiên cứu về tác hại của đậu nành tới tuyến giáp, khả năng sinh sản, nội tiết tố, tình dục, tiêu hóa và thậm chí một số loại ung thư. Trong cuốn sách “Lịch sử đậu tương” (2005) của nhà dinh dưỡng học Kaayla Daniel đã nhắc đến các công trình nghiên cứu cho thấy những mặt trái của đậu tương sau 100 năm phát hiện. Tác giả cho biết, tại Mỹ đậu nành là ngành công nghiệp lớn trị giá 4 tỉ $ vì vậy trong năm 1999, FDA (Cơ quan Quản lý Dược phẩm và Thực phẩm Hoa Kỳ) vẫn phê chuẩn tuyên bố hài lòng với các doanh nghiệp khủng về đậu nành mặc dù có bằng chứng thuyết phục thể hiện những rủi ro liên quan đến đậu nành . Phê chuẩn của FDA bất chấp sự phản đối của các nhà khoa học hàng đầu của chính cơ quan này. Các ông trùm ngành công nghiệp Đậu nành một lần nữa khẳng định: “Bên cạnh việc thúc đẩy sức khỏe tim mạch, đậu nành có thể làm giảm triệu chứng liên quan đến thời kỳ mãn kinh, giảm nguy cơ ung thư và hạn chế cholesterol xấu”.
Các nghiên cứu dịch tễ học cho thấy người châu Á, đặc biệt là ở Nhật Bản và Trung Quốc, có một tỷ lệ thấp hơn với bệnh u tuyến vú và ung thư tuyến tiền liệt so với người Mỹ. Rất nhiều các nghiên cứu đánh giá cao chế độ ăn uống truyền thống bao gồm đậu nành. Nhưng chế độ ăn của người châu Á chỉ có một lượng nhỏ - khoảng 9 gram một ngày - các sản phẩm chủ yếu là đậu nành lên men như miso, natto, tempeh và đậu phụ. Đậu nành lên men giúp tăng cường chế phẩm sinh học và vi khuẩn tốt cho hệ tiêu hóa, cơ thể .
Ngược lại, ở Hoa Kỳ, chế biến thực phẩm ăn vặt đậu nành có thể chứa hơn 20 gram protein đậu nành trong một suất ăn.
“Các nhà sản xuất thực phẩm liên tục cho ra mắt những sản phẩm tinh túy hấp dẫn người giữ eo như “đậu nành tách đạm”, “tinh chất đậu nành”…Trên hầu hết các nhãn sản phẩm chứa đậu nành đều ghi: Chế độ ăn ít chất béo hòa tan và cholesteron trong 25gr đậu nành/ngày có thể làm giảm các nguy cơ bệnh tim”. Liều lượng 25gr chỉ định trên vượt quá xa so với suất 9gr của người châu Á.
Trong cuốn sách “Lịch sử đậu nành” tác giả tự nhận mình là người theo đuổi chế độ ăn dinh dưỡng lành mạnh trong 13 năm, đánh giá khách quan cả mặt tích cực lẫn tiêu cực của đậu nành. Bà luôn cảnh giác với đậu nành biến đổi gien tuy nhiên “tránh đậu nành biến đổi gen không có nghĩa là hoàn toàn tốt” Daniel nói: "Một câu hỏi tôi hay nhận được từ khách hàng : “Nếu tôi chỉ ăn đậu nành hữu cơ thì có được không?” Chắc chắn, hữu cơ thì phải tốt hơn, nhưng điểm mấu chốt là đậu nành tự nhiên có chứa estrogen thực vật, độc tố, antinutrients và cơ thể bạn không thể loại bỏ chúng”.
Nguy cơ cao nhất khi cho trẻ sơ sinh ăn sữa đậu nành. Daniel nói. 'Các estrogen trong đậu nành sẽ ảnh hưởng đến sự phát triển nội tiết tố của các bé và chắc chắn nó sẽ ảnh hưởng đến sự phát triển não, hệ thống sinh sản, và tuyến giáp. Trong đậu nành cũng chứa một lượng lớn mangan, có liên quan đến việc gây rối loạn thiếu tập trung và thần kinh ở trẻ sơ sinh. Bộ Y tế Israel gần đây đã ban hành tư vấn nói rằng trẻ sơ sinh nên tuyệt đối tránh sử dụng sữa đậu nành.
Antinutrients trong men đậu nành cần thiết cho tiêu hóa nhưng ngăn chặn sự hấp thụ khoáng chất thiết yếu. Điều này đáng lo ngại đối với người ăn chay, những người lấy đậu nành làm nguồn đạm chính và với phụ nữ trong thời kỳ mãn kinh ăn đậu nành để bổ sung estrogen tự nhiên.
Đậu nành có chứa chất phytochemical - chất dinh dưỡng thực vật có hoạt tính chống lại bệnh tật - được gọi là isoflavone. Nghiên cứu xác nhận isoflavone có thể bắt chước estrogen của cơ thể, nâng cao mức estrogen ở phụ nữ sau mãn kinh, giúp giảm những cơn nóng bừng và các triệu chứng khác. Mặt khác, isoflavones cũng có thể ngăn chặn estrogen của cơ thể, có thể giúp làm giảm nồng độ estrogen cao, do đó làm giảm nguy cơ ung thư vú hay ung thư tử cung trước khi mãn kinh. (Nồng độ estrogen cao có liên quan đến bệnh ung thư của hệ thống sinh sản ở phụ nữ.)
Mặc dù chất isoflavone trong đậu nành có thể góp phần vào estrogen thúc đẩy hoặc ngăn chặn khi cần thiết nhưng chất này cũng có tiềm năng thúc đẩy ung thư nội tiết tố ở một số người nhạy cảm. Nghiên cứu về tác động của chất isoflavone lên estrogen đang gặp những mâu thuẫn, cách tốt nhất là chúng ta nên sử dụng thăm dò và không lạm dụng. Ở nam giới, đậu nành đã được chứng minh gây ra suy giảm testosterone và ham muốn tình dục, theo Daniel.
Chuyên gia dinh dưỡng nổi tiếng Bauman cũng công nhận đậu nành sau khi được chế biến là có vấn đề nhưng ông vẫn tin đậu nành có tác dụng thực sự như một nội tiết tố trung gian có lợi. Ông nói: Đậu nành khộng phải là thủ phạm, có thể khâu xử lý và đóng gói, chế biến, bảo quản của nhà máy có vấn đề. Ngoài ra người tiêu dùng thông thái luôn kiểm soát được liều lượng thông thái.