Bệnh sởi và rubella được khống chế. Tỷ lệ mắc chết nhiều bệnh trong TCMR tiếp tục giảm trong năm 2016. Công tác giám sát bệnh trong TCMR được tăng cường và hoạt động có hiệu quả, đặc biệt là giám sát bại liệt, uốn ván sơ sinh, sởi. Đến hết tháng 10 năm 2016, tỷ lệ tiêm chủng đầy đủ cho trẻ dưới 1 tuổi đạt 83,4%. Tỷ lệ tiêm vắc xin sởi-rubella cho trẻ 18 tháng tuổi đạt 79,1%.
Tháng 6/2016 cũng đánh dấu việc hoàn thành chiến dịch tiêm bổ sung vắc xin sởi-rubella đối tượng nam nữ 16-17 tuổi trước khi bước vào đại học và đi làm. Chiến dịch được triển khai tiêm cho học sinh tại các trường PTTH và triển khai tại cộng đồng cho trẻ không đi học. Gần 1,8 triệu người tuổi từ 16 đến 17 đã được tiêm phòng vắc xin sởi-rubella, đạt tỉ lệ 94,9%. Đóng góp vào thành công này, ngoài sự nỗ lực của ngành y tế còn phải kể đến sự ủng hộ của cộng đồng… Nhờ vậy, trong năm 2016 chỉ ghi nhận 34 ca mắc sởi, giảm 442 lần so với năm 2014 và giảm 8 lần so với năm 2015.
Để duy trì thành quả thanh toán bệnh bại liệt, Dự án Tiêm chủng mở rộng đã tổ chức thành công chiến dịch uống vắc xin bại liệt (OPV) cho trẻ dưới 5 tuổi trên địa bàn 120 huyện nguy cơ cao thuộc 19 tỉnh/thành phố. Theo khuyến cáo của WHO, tháng 5/2016, Việt Nam sẽ cùng với 155 quốc gia thực hiện chuyển đổi từ vắc xin bại liệt 3 tuýp sang sử dụng vắc xin 2 tuýp (bOPV) để hướng tới mục tiêu thanh toán bệnh bại liệt trên toàn cầu. Viện Vệ sinh dịch tễ T.Ư cũng nhận định: Năm 2017, TCMR sẽ gặp nhiều thách thức khi kinh phí cho Chương trình TCMR không ngừng được Nhà nước và Bộ Y tế tăng lên hằng năm song mới chỉ đáp ứng đủ cho nhu cầu vắc xin. Viện trợ từ các tổ chức quốc tế đang có xu hướng giảm, Việt Nam phải chủ động chi trả kinh phí đối ứng vắc xin 5 trong 1 với tỷ lệ tăng dần.