Cụ thể, theo thông báo số 173 ngày 1/4/2015 của Vụ Kế hoạch Tài chính (Bộ GD&ĐT) gửi trường ĐH Đông Đô về việc đăng ký chỉ tiêu tuyển sinh năm 2015 cho thấy đơn vị này đã xác nhận chỉ tiêu đào tạo văn bằng 2 chính quy của trường ĐH Đông Đô là 500. Tương tự, theo thông báo số 68 ngày 24/2/2016, Vụ Kế hoạch Tài chính cũng xác nhận chỉ tiêu tuyển sinh đào tạo văn bằng 2 chính quy năm 2016 của trường ĐH Đông Đô là 150 ở khối ngành III, V và VII.. Năm 2017, theo thông báo số 136 ngày 7/3/2017, Vụ Kế hoạch Tài chính xác nhận chỉ tiêu tuyển sinh đào tạo văn bằng 2 chính quy năm 2017 của trường ĐH Đông Đô là 150 ở khối ngành III, V và VII.
Được biết Cục An ninh chính trị nội bộ và Cục An ninh điều tra, Bộ Công an đã làm việc với đơn vị chức năng của Bộ GD&ĐT như Văn phòng Bộ, Vụ Giáo dục ĐH để thu thập các tài liệu liên quan vụ án. Về lý do trường ĐH đào tạo “chui” trong nhiều năm, có đầy đủ phôi bằng để cấp bằng, một cán bộ điều tra nói: “Đây là bài toán đặt ra câu hỏi lớn cho Bộ GD&ĐT”.
Về mặt quản lý nhà nước, để cấp mở mã ngành mới, Bộ giao Vụ Giáo dục ĐH. Trường ĐH sẽ làm tờ trình thông tin đào tạo bao nhiêu khóa, cơ sở vật chất, đội ngũ giảng viên... Trên cơ sở đó, Vụ Giáo dục ĐH mới kiểm tra và làm tờ trình lên thứ trưởng phụ trách ký duyệt thì mới được cấp phép đào tạo văn bằng 2.
Tuy nhiên, từ năm 2013-2017, Bộ GD&ĐT lại giao Vụ Kế hoạch Tài chính là đơn vị xác nhận chỉ tiêu của các trường. Đến năm 2018 Vụ Giáo dục ĐH được trả lại quyền này. Trong khi đó việc cấp bán phôi bằng lại giao cho Văn phòng bộ. “Trong một bộ mà có đến ba đơn vị làm một việc như thế này thì công tác phối hợp sẽ không ổn” - cán bộ điều tra nhận định. Trong quá trình lấy lời khai các bị can, căn cứ hồ sơ cơ quan điều tra sẽ có minh chứng cụ thể về quy trình cho phép, cấp phép văn bằng cũng như liên quan đến cấp phép đào tạo.
Như vậy, theo quy định thì trường phải có văn bản đề nghị với Bộ GD&ĐT và đầu mối ở đây là Vụ Giáo dục ĐH - thẩm định để ra quyết định cho phép đào tạo; Vụ Kế hoạch Tài chính thẩm định để giao chỉ tiêu đào tạo. Từ năm 2016 - 2018, Trường ĐH Đông Đô có thực hiện báo cáo thông tin tuyển sinh ĐH, cao đẳng hệ chính quy theo quy định của Quy chế tuyển sinh ĐH, cao đẳng hệ chính quy. Tuy nhiên, trong Báo cáo kết quả tuyển sinh các năm từ 2016 đến 2018 gửi về Vụ Giáo dục ĐH của trường không có thông tin về việc đào tạo văn bằng 2. Vậy phải chăng trường ĐH Đông Đô đã không thông qua Vụ Giáo dục ĐH để trình việc xin phép đào tạo mà lại trực tiếp trình Vụ Kế hoạch Tài chính để xin xác nhận chỉ tiêu tuyển sinh? Vụ Kế hoạch Tài chính đã không kiểm tra xem trường ĐH Đông Đô đã được cho phép đào tạo văn bằng 2 hay chưa nên mới dẫn đến sai phạm này?
Tiền Phong đã gửi các câu hỏi liên quan đến Bộ GD&ĐT nhưng cho đến giờ, Bộ GD&ĐT vẫn chưa có hồi âm.