Một trong những thành công của CTXKTS là huy động được nhiều thành phần kinh tế tham gia. Nguồn vốn thu hút đầu tư cho chế biến, XK liên tục tăng. Nhiều DN tư nhân đã phát triển rất mạnh, liên tục đạt kết quả vượt trội với doanh số trên 50 triệu USD như: Kim Anh, Thái Tân, Minh Phú, Minh Quý, Phương Nam, Phú Cường, Việt Hải…Cá biệt có 2 DN Minh Phú, Kim Anh đã đạt doanh số 100 triệu USD.
Theo Bộ Thuỷ sản, về nội tại, XK thuỷ sản đã có rất nhiều khả năng, bởi trong 405 cơ sở chế biến, có đến 236 DN chế biến thuỷ sản đông lạnh XK. Với công nghệ tiên tiến giữ được an toàn vệ sinh, đến nay Việt Nam đã chính thức được đứng vào danh sách những nước đứng đầu XK thuỷ sản vào EU với 153 DN đủ điều kiện.
Đã có 200 DN áp dụng HACCP (công nghệ quản lý chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm theo tiêu chuẩn châu Âu), đủ tiêu chuẩn xuất khẩu thuỷ sản vào thị trường Mỹ.
Về cơ cấu thị trường, Nhật Bản (nước đặt hàng rào kỹ thuật cao nhất) vẫn là thị trường XK thuỷ sản lớn nhất của Việt Nam trong nhiều năm. Mỹ 2 năm trở lại đây cũng là thị trường tiêu thụ tôm, cá tra, ba sa của Việt Nam. Trên thế giới đã có 80 nước nhập khẩu thuỷ sản của Việt Nam.
Ưu thế hàng hoá XK của Việt Nam cũng được nhiều nước chú ý. Các sản phẩm chế biến từ tôm vẫn tăng về sản lượng và giữ vị trí chủ lực với 52% giá trị kim ngạch XK thuỷ sản hằng năm. Tỷ trọng giá trị các sản phẩm cá cũng tăng nhanh qua các năm, hiện đã chiếm trên 22,84%.
Các sản phẩm cua ghẹ, nhuyễn thể, thuỷ sản khác cũng tăng đáng kể. Với những điều kiện như vậy, XK thuỷ sản năm 2004 đã đạt hơn 2,39 tỷ USD, tăng 8,9% so với cùng kỳ năm 2003.
Theo bà Trần Thị Miêng - Phó vụ trưởng KH&ĐT (Bộ Thuỷ sản), còn khá nhiều nhiệm vụ của CTXKTS chậm so với kế hoạch. Rõ nhất là việc áp dụng “hệ thống quản lý chất lượng tiên tiến, đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm và chất lượng sản phẩm XK” rất chậm.
Dự kiến năm 2001 phải có 100% cơ sở đảm bảo yêu cầu trên, nhưng đến nay mới chỉ có 75% cơ sở đáp ứng được yêu cầu này. 25% cơ sở chưa đạt yêu cầu trên chủ yếu là DN nhỏ, giá trị XK chiếm 20% tổng giá trị XK thuỷ sản nhưng cũng ảnh hưởng rất lớn đến tốc độ tăng trưởng của toàn ngành.
Bên cạnh đó, năng lực cạnh tranh của sản phẩm thuỷ sản cũng bị suy giảm do tỷ trọng giá nguyên liệu luôn chiếm 90% giá thành sản phẩm; trong khi đó giá tôm giống, thức ăn chăn nuôi rất cao. Tình trạng thiếu nguyên liệu vẫn thường xuyên xảy ra, gay gắt nhất vẫn là ở miền Bắc và Trung. Nguyên liệu tự nhiên ngày càng suy kiệt, nguồn nguyên liệu từ nuôi trồng thì chỉ cung cấp được theo thời vụ và thường xuyên bị dịch bệnh.
Cản trở lớn nhất trong 2 năm qua đồng thời là thách thức trong thời gian tới với thuỷ sản XK của Việt Nam là các nước lớn luôn đặt hàng rào phi thuế để hạn chế nhập khẩu. Hai vụ kiện chống bán phá giá: cá tra, cá ba sa và vụ kiện tôm đã tiêu tốn khá nhiều tiền của DN.
Thứ trưởng Bộ Thuỷ sản Nguyễn Thị Hồng Minh cho hay, vụ kiện tôm đã “móc hầu bao” của DN gần 2 triệu USD. Tuy mức thuế chống bán phá giá áp đặt cho DN Việt Nam khá thấp, nhưng trớ trêu là mức thuế này chỉ là tạm thời và đến năm 2006 phía Mỹ mới xem xét công bố mức thuế chính thức cho năm 2005.
Điều này ảnh hưởng rất lớn đến chính sách giá của DN Việt Nam, nếu DN Việt Nam định giá cao thì phía Mỹ sẽ vin vào đó để tiếp tục kiện. Bà Minh còn cho biết, phía Mỹ vừa ra một chính sách: Từ tháng 2/2005, các nhà nhập khẩu phải đóng trước một khoản tiền rất lớn cho khoản thuế chống bán phá giá cho hải quan Mỹ mới được nhập khẩu. Nhiều bạn hàng của Việt Nam không đủ năng lực tài chính sẽ phải bỏ cuộc, không thể mua tôm của Việt Nam nữa.
Ông Nguyễn Văn Kịch - Chủ tịch Uỷ ban tôm cũng cho rằng, phát sinh mới từ các vụ kiện tôm đầy phức tạp, nếu từng DN không có giải pháp tốt sẽ khó phát triển, nhất là hiện nay nhiều DN chế biến XK cùng nhóm mặt hàng cạnh tranh không lành mạnh, bưng bít thông tin giá cả thị trường, để nhà nhập khẩu lợi dụng chia rẽ, ghìm giá.
Khó khăn khác cũng đang trực tiếp níu kéo XK là hiện nay tình trạng đầu tư các nhà máy chế biến vẫn rất tràn lan, không thể tập trung sản xuất lớn. Hiện, rất nhiều nhà máy chế biến ở phía Bắc và các tỉnh miền Trung không đủ nguyên liệu sản xuất, chỉ sử dụng được 30-35% công suất thiết kế.
Đã vậy, DN lại quản lý ngân sách rất kém. Năm 2004, Bộ Thủy sản đã phát hiện 23 tỷ đồng ngân sách được chi không quyết toán đúng thời hạn, 37 dự án đầu tư hoàn thành chưa quyết toán. Những hoạt động chi tiêu này đã đẩy chi phí sản xuất lên cao và hạn chế cạnh tranh rất lớn cho sản phẩm XK. Đây cũng là nguyên nhân tác động xấu đến mục tiêu XK trong năm 2005 được đặt ra là phải đạt 2,6 tỷ USD.