Tiến độ chạy thử và khởi động nhà máy đạt khoảng 99 phần trăm.
Tính đến 8/2009, hầu hết các phân xưởng công nghệ (12/14 phân xưởng) đi vào hoạt động với 70 phần trăm công suất và toàn bộ các phân xưởng phụ trợ đã hoạt động ổn định. Các sản phẩm xăng dầu của Nhà máy đều đạt chất lượng theo quy chuẩn và tiêu chuẩn quốc gia.
Tuy vậy, tổng mức đầu tư điều chỉnh của Dự án từ hơn 3,053 tỷ USD phải điều chỉnh tăng thêm hơn 552,5 triệu USD. Nguyên nhân tăng thêm, theo Chính phủ là do biến động tỷ giá tiền tệ, nguyên vật liệu, chi phí hỗ trợ các hộ dân đã di chuyển.
Dự án đội vốn, nhiều bất cập
Bộ trưởng Vũ Huy Hoàng thừa nhận, công tác tái định cư Thủy điện Sơn La thì hiện còn chờ 334 hộ của tỉnh Sơn La (huyện Quỳnh Nhai: 272 hộ và huyện Mường La: 62 hộ) ký cam kết di chuyển đến nơi TĐC mới.
Ngoài ra, có sự chậm trễ chi trả tiền chênh lệch, bồi thường về đất, chậm hoàn thành hồ sơ nghiệm thu theo quy định.
Báo cáo thẩm tra của Ủy ban Khoa học - Công nghệ & Môi trường Quốc hội cũng cho thấy dự án đường Hồ Chí Minh cũng còn một số tồn tại. Về tiến độ, giai đoạn 2 mới chỉ có một dự án hoàn thành, 18 dự án khác không thể hoàn thành đúng tiến độ. Do đó, kế hoạch nâng cấp đường Hồ Chí Minh đạt tiêu chuẩn đường cao tốc giai đoạn 2010 - 2020 sẽ không thể thực hiện được.
Tổng mức đầu tư giai đoạn 1 đoạn Hòa Lạc (Hà Nội) - Tân Cảnh (Kon Tum) giảm 1.092 tỷ đồng. Tuy nhiên, giai đoạn 2 tăng thêm 5.315 tỷ đồng. Về dự án 5 triệu hécta rừng, theo báo cáo, tiến độ trồng mới rừng phòng hộ, rừng đặc dụng và rừng sản xuất còn chậm. Đến 8/2009, cả nước cấp được 1.037.000 giấy chứng nhận quyền sử dụng đất lâm nghiệp với diện tích là 8.422 triệu hécta bằng 69,2 phần trăm diện tích cần giao.
Cùng ngày Quốc hội cũng nghe báo cáo về chủ trương đầu tư, nhà máy thủy điện Lai Châu và Tờ trình về dự án Luật thuế Nhà, Đất. Tổng mức đầu tư sơ bộ dự án nhà máy thủy điện Lai Châu là 32.568,590 tỷ VNĐ (sau thuế) theo mặt bằng giá quý II/2008. Công suất lắp máy 1.200MW, lượng điện bình quân năm 4.704 triệu KWh/năm.
