Đoàn kiểm tra do Thứ trưởng Bộ Công Thương Trần Quốc Khánh làm Trưởng đoàn. Các phó trưởng đoàn gồm Cục trưởng và Phó cục trưởng Cục Xuất nhập khẩu. Các thành viên là lãnh đạo của Cục Chế biến và phát triển thị trường nông sản, Cục Trồng trọt (Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn), Tổng cục Hải quan (Bộ Tài chính), Cục An ninh kinh tế tổng hợp (Bộ Công an), Hiệp hội Lương thực Việt Nam.
Trước đó, Bộ Công Thương đã nhận được nhiều văn bản của các thương nhân kinh doanh xuất khẩu gạo phản ánh việc đăng ký tờ khai hải quan có một số bất cập như: thương nhân không được thông báo về thời gian bắt đầu tiếp nhận tờ khai xuất khẩu nên không đăng ký được kịp thời, hoặc không tiếp cận được hệ thống (báo lỗi); cá biệt có trường hợp đã đăng ký được nhưng sau đó lại bị mất tờ khai trên hệ thống…
Bộ Công Thương cũng đã có văn bản số 2683/BCT-XNK ngày 15/4/2020 gửi Bộ Tài chính triển khai về việc thực hiện hạn ngạch xuất khẩu gạo trong tháng 4/2020, theo đó đã chuyển Bộ Tài chính để xem xét, xử lý theo đúng chức năng, thẩm quyền được giao đối với phản ánh, kiến nghị của các thương nhân xuất khẩu gạo.
Để thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ (tại văn bản số 2827/VPCP-KTTH ngày 10/4/2020 của Văn phòng Chính phủ, theo đó, giao Bộ Công Thương báo cáo Thủ tướng Chính phủ về phương án điều hành xuất khẩu gạo trong tháng 5/2020), đồng thời triển khai công tác phối hợp với Bộ Tài chính để thực hiện điểm 3 văn bản số 2827/VPCP-KTTH, Bộ Công Thương quyết định thành lập Đoàn kiểm tra liên ngành.
Đoàn kiểm tra liên ngành sẽ làm việc với một số cơ quan có liên quan để nắm tình hình về lượng gạo hàng hóa tại các cảng phục vụ công tác điều hành xuất khẩu gạo, trên cơ sở đó, xây dựng báo cáo Thủ tướng về tình hình xuất khẩu gạo tháng 4 và phương án điều hành xuất khẩu gạo trong tháng 5/2020. Đoàn kiểm tra sẽ làm việc từ ngày 20 đến 24/4/2020.
Ngày 17/4, Thủ tướng Chính phủ có văn bản yêu cầu Bộ Công Thương khẩn trương nghiên cứu ý kiến của Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam về việc tháo gỡ khó khăn cho xuất khẩu gạo và việc cho phép xuất khẩu gạo nếp.
Theo đó, Bộ Công Thương phải báo cáo Thủ tướng Chính phủ trong ngày 20/4, đồng thời báo cáo Phó Thủ tướng Trịnh Đình Dũng tại cuộc họp về tháo gỡ khó khăn cho xuất khẩu gạo sẽ diễn ra trong tuần sau. Sau cuộc họp ngày 20/4, trên cơ sở ý kiến các bộ, cơ quan, doanh nghiệp, hiệp hội, Phó Thủ tướng Trịnh Đình Dũng sẽ báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.
về phối hợp thực hiện xuất khẩu gạo theo Quyết định số 1106/QĐ-BCT, ngày 17/4, Bộ Tài chính cho biết đã có 2 lần tham gia ý kiến với Bộ Công thương nhưng không được lắng nghe, tiếp thu.