Chồng sắp cưới của Khánh Linh là người bạn trai luôn sánh bước cùng cô trong các sự kiện giải trí từ giữa năm ngoái. Một người bạn thân của cả hai chia sẻ, hôn phu của "họa mi" làm trong lĩnh vực kinh doanh. Anh là người có tính cách hòa đồng, nhã nhặn, cùng Khánh Linh chia sẻ mọi buồn vui trong cuộc sống.
Chia sẻ về người đàn ông hiện tại, Khánh Linh hạnh phúc tiết lộ: "Hai chúng tôi quen nhau từ lâu. Anh ấy là một người nhẹ nhàng, sâu sắc, hơn tôi một tuổi, vừa đủ chững chạc. Những bạn trai cũ của tôi vẫn thường nghĩ, tôi rất bướng và phải trị được tôi. Nhưng tôi đâu có quá bướng để phải dùng từ trị. Một người hiếu thắng như tôi, nếu nói như vậy tôi không bao giờ nghe. Cái tôi cần là văn hóa, trong cả cách nói chuyện".
Khánh Linh không ngại tình tứ bên vị hôn phu giữa chốn đông người.
Khánh Linh lần đầu tiên xuất hiện cùng bạn trai mới trong một sự kiện khai trương phòng trà mới tại Hà Nội vào cuối tháng 5/2013. Trong một bài phỏng vấn, cô thẳng thắn chia sẻ: "Đây là người bạn mới của tôi. Tôi cảm thấy mình được chia sẻ rất nhiều điều, cả trong âm nhạc. Anh ấy luôn động viên, cho những lời khuyên tốt dù đó là người ngoài ngành, không liên quan tới nghệ thuật". Khánh Linh cũng không sợ bạn trai phải chịu sức ép dư luận vì cô cho rằng mình sống một cách tử tế, đàng hoàng thì chẳng có gì khó xử.
Trước khi lên xe hoa lần hai, Khánh Linh từng có mối tình ngắn ngủi với một nhiếp ảnh gia nổi tiếng. Tuy nhiên, tại thời điểm đó, cô khẳng định chưa có ý định đính hôn và nhận được lời cầu hôn. Chuyện tình cảm đã qua, Khánh Linh không muốn nhắc tới và coi nó như một kỷ niệm đẹp. "Tôi tôn trọng và gói nó lại, cất nó đi, không muốn nhắc tới nó nữa. Hãy để nó là những gì của riêng mình" - giọng ca sinh năm 1983 chia sẻ.
Khánh Linh kết hôn lần đầu vào năm 2005 với một chàng trai người Hà Nội sinh năm 1974. Kết quả của cuộc hôn nhân này là một bé trai kháu khỉnh gần 8 tuổi. Sau gần 4 năm chung sống, mối quan hệ giữa hai vợ chồng bắt đầu rạn nứt và kết thúc bằng việc đường ai nấy đi. Hiện tại, Khánh Linh sinh sống và làm việc tại TP.HCM.