Tháng 12/2004, một bộ xương người được phát hiện ở xóm 9, xã Nghi Phú, TP.Vinh.Tình trạng của bộ xương đã mục nát, có khá nhiều mảnh vỡ. Tuy nhiên, phần còn lại của bộ xương cũng đủ để các giám định viên nghiên cứu, xác định giới tính, chiều cao, sơ bộ “dựng” được tự dạng của nạn nhân này, đó là một cô gái tuổi khoảng 20-25.
Lục tìm lại những nạn nhân đã từng bị giết hoặc mất tích trong thời gian gần đây, cơ quan công an không phát hiện ai có nhân dạng tương tự.
Mở rộng việc giám định, các cán bộ khoa học Trung tâm giám định sinh học pháp lý thu nhận được một thông tin khá quan trọng: bộ xương này đã được vùi sâu dưới lòng đất khoảng 14-15 năm. Họ cũng đã tìm thấy tổn thương nứt vỡ xương sọ ở vùng đỉnh đầu. Đây là vết nứt vỡ xương do tác động ngoại lực dẫn đến chấn thương sọ não khiến nạn nhân tử vong.
Lần lại hồ sơ các vụ án giai đoạn này vẫn không thấy nạn nhân nào có đặc điểm trùng khớp, cho đến khi bất chợt các điều tra viên nhớ đến một trường hợp mất tích đầy bí ẩn vào cuối năm 1990. Đó là trường hợp của Nguyễn Thị Thu Hiền (SN 1968), con thứ trong một gia đình có tới 11 anh chị em ở xã Nghi Phú, TP.Vinh, Nghệ An.
Cơ quan công an đã cho gọi người nhà chị Hiền đến nhận dạng bộ hài cốt cùng những vật tùy thân còn sót lại thì họ đều khẳng định đây đúng là người thân của mình. Kết quả giám định ADN cũng cho thấy kiểu gen của bộ xương với những người thân trong gia đình chị Hiền hoàn toàn trùng khớp.
Những mối quan hệ của nạn nhân vào thời điểm 14 năm trước đã dần được dựng lại. Từ những thông tin được cung cấp từ phía người nhà, những nghi vấn tập trung vào đối tượng Ngô Xuân Thuân (người yêu của chị Hiền). Thời điểm chị Hiền mất tích, Thuân đang làm việc ở Xí nghiệp 572.
Sau hơn chục năm làm kỹ sư xây dựng ở Nghệ An, năm 2003, Thuân chuyển ra Hà Nội theo đơn vị khi cơ quan này sát nhập vào Công ty Xây dựng công trình liên hợp đường sắt. Khi lực lượng công an tìm ra Thuân, Thuân đang ở tại nhà anh trai tại phường Giáp Bát, quận Hoàng Mai.
Được đưa về trụ sở CQĐT, Thuân đã cầu xin các chiến sĩ công an cho mình được đến thắp hương trên mộ chị Hiền và sẽ khai hết toàn bộ sự thật.
Cũng theo lời Thuân, sau cái chết của Hiền, hắn luôn bị cắn rứt lương tâm, tư tưởng không ổn định, thường xuyên phải đi đền chùa cúng bái. Có thể đó là cách mà Thuân tự trấn an tư tưởng mình cũng như ăn năn hối hận trước vong linh người con gái đã khuất.
Qua lời khai của Thuân, câu chuyện 14 năm về trước được tái hiện lại. Do nhà Hiền gần xí nghiệp, hay ra vào đây chơi nên quen biết với Ngô Thị Thủy, chị gái của Thuân. Thuân khá đẹp trai, thư sinh và cũng là người có tài ăn nói nên sau một thời gian qua lại, Hiền đã nảy sinh tình cảm với anh ta.
Hai người yêu nhau mặn nồng và Hiền đã dâng hiến thứ quý giá nhất của người con gái cho Thuân. Thuân cũng tỏ ra thông cảm với hoàn cảnh đông anh em, gia cảnh khó khăn cũng như những mâu thuẫn gia đình của Hiền và thổ lộ ý định sẽ chăm lo cho cuộc sống của cô.
Buổi tối hôm đó, Hiền đến tìm Thuân để nói với anh ta rằng mình đang mang trong người giọt máu của Thuân. Hiền yêu cầu Thuân phải sang nói chuyện với gia đình và có trách nhiệm với cái thai đang ngày một lớn dần. Tuy nhiên, khi đó Thuân lại đang yêu một cô gái khác con nhà gia thế ở TP.Vinh nên đã từ chối yêu cầu của Hiền và cho rằng cái thai trong bụng cô không phải là của mình.
Trong lúc cãi vã, Thuân đã xô mạnh người yêu về phía cuối lán, khiến đầu của Hiền bị va đập mạnh vào tấm gỗ có cạnh sắc dẫn tới tử vong. Vì muốn che giấu tội lỗi của mình, đêm hôm đó, Thuân đã quấn thi thể của Hiền vào chiếc chăn hoa đem đi chôn.
Không thấy Hiền về nhà, gia đình và người thân của cô có đến báo với cơ quan công an và sau đó cũng thông báo tìm tung tích khắp nơi nhưng không có hồi âm gì. Còn Thuân đã nói với gia đình người yêu rằng Hiền đã lấy trộm tiền, vàng của anh ta rồi bỏ trốn sang Trung Quốc. Sở dĩ gia đình Hiền có phần tin vào câu chuyện Hiền bỏ đi biệt xứ vì trước đó Hiền có chuyện buồn với gia đình.
Câu chuyện về sự mất tích của Hiền tưởng chừng sẽ chìm vào quên lãng cùng với tiếng xấu là một kẻ trộm cắp. Cho đến một ngày cuối tháng 12/2004, một nhóm công nhân thuộc Công ty Xây dựng đường bộ 479 tiến hành xây dựng trên nền đất thuộc Xí nghiệp 572 cũ và bất ngờ phát hiện những đốt xương người rời rạc trồi lên; đào sâu hơn, họ phát hiện có một bộ xương được bọc trong tấm chăn hoa, thì toàn bộ bí mật về sự “biến mất” của Hiền mới bị phơi bày…