Theo đơn tố cáo, cô Trần Thị Mỹ Phúc-Bí thư chi bộ kiêm Hiệu trưởng, cô Trương Thị Mười - Chủ tịch công đoàn kiêm Phó hiệu trưởng không dạy tiết nào, hoặc nhờ giáo viên khác dạy thay, không làm tốt nhiệm vụ được giao nhưng vẫn được thanh toán đầy đủ chế độ 70% phụ cấp đứng lớp cho hiệu trưởng, phó hiệu trưởng.
Đầu năm học 2013-2014, thực hiện mô hình Trường học mới Việt Nam (gọi là VNEN), BGH trường Canh Thuận tập huấn cho tất cả giáo viên thời lượng 5 ngày, với chế độ 150.000 đồng/giáo viên/ngày. Thực tế, trường chỉ tổ chức tập huấn trong 3 ngày và chi trả số tiền là 450.000 đồng/người nhưng buộc giáo viên ký nhận 750.000 đồng.
Trong Hội thi văn nghệ Mừng Đảng - Mừng Xuân năm 2014 do Phòng GD&ĐT Vân Canh tổ chức, trường tham gia 3 tiết mục nhưng chỉ thuê trang phục cho 1 tiết mục múa. Việc trang điểm và thuê trang phục các tiết mục khác do giáo viên tham gia tự thực hiện. Nhưng cô Lê Thị Tố Trâm - giáo viên phụ trách thiết bị kiêm thư viện, thủ quỹ nhà trường yêu cầu giáo viên trong đội văn nghệ ký đã nhận số tiền 400.000 đồng/người và lập hồ sơ kế toán ghi chi văn nghệ gần 10 triệu đồng.
Sau khi nhận được đơn tố cáo, UBND tỉnh Bình Định chỉ đạo Sở GD&ĐT phối hợp với Thanh tra huyện Vân Canh và Phòng GD&ĐT huyện xác minh và báo cáo vụ việc.
Kết quả xác minh, BGH trường tiểu học Canh Thuận sai phạm 9 nội dung. Kết luận của UBND huyện Vân Canh (tháng 1/2015), cũng xác định phần lớn các sai phạm của BGH nhà trường cũng đều trùng khớp với báo cáo của Sở và đề nghị BGH phải kiểm điểm trước hội đồng sư phạm nhà trường về những sai phạm liên quan, nộp cho ngân sách Nhà nước số tiền hơn 63,5 triệu đồng đã chi sai quy định.
Tuy nhiên, BGH trường không đồng ý với kết luận trên và khiếu nại kéo dài. Ông Trần Hữu Biên, Phó Chủ tịch huyện Vân Canh, cho biết: Huyện đã chỉ đạo thành lập đoàn thanh tra liên ngành xác minh lại vụ việc, và sẽ áp dụng hình thức kỷ luật, xử lý nghiêm đối với các bên có liên quan.