Lực lượng tàu ngầm luôn đóng một vai trò chiến lược quan trọng trong Hải quân Nga với các biên đội tàu ngầm hạt nhân chiến lược lớp Borei hoạt động tại khu vực Bắc Cực hay tàu ngầm tấn công hạt nhân lớp Yasen với các tên lửa hành trình và tên lửa đạn đạo liên lục địa hoặc tàu ngầm diesel-điện lớp Kilo. Đó là những cái tên tạo nên sức mạnh trên biển của Hải quân Nga hiện nay và chúng luôn ở trong trạng thái sẵn sàng chiến đấu.
Tuy nhiên, bên cạnh đó ít ai biết rằng Hải quân Nga cũng được trang bị các tàu ngầm không được vũ trang và chỉ được sử dụng cho các nhiệm vụ đặc biệt. Ngoài ra thông tin về chúng cũng không được Hải quân Nga công bố rộng rãi. Các thủy thủ vận hành loại tàu ngầm này đều có kinh nghiệm hoạt động trong lực lượng tàu ngầm Nga ít nhất là 5 năm và phải vượt qua các bài kiểm tra về áp lực cũng như sức khỏe dành riêng cho thủy thủ đoàn lực lượng tàu ngầm đặc biệt.
Lực lượng tàu ngầm đặc biệt Nga đều do Trung tâm nghiên cứu đại dương (CDDR) trực thuộc Bộ quốc phòng Nga quản lý, CDDR cũng trực tiếp điều hành lực lượng tàu ngầm đặc biệt, các căn cứ hải quân, cùng các trạm nghiên cứu nước sâu.
Dưới đây là một số loại tàu ngầm đặc biệt do CDDR quản lý:
Tàu ngầm hạt nhân lớp Kashalot Project 1910
Project 1910 là thế hệ tàu ngầm hạt nhân được thiết kế cho các hoạt động nghiên cứu đại dương và các vùng biển nước sâu của Hải quân Liên Xô. Tàu ngầm hạt nhân lớp Kashalot được Liên Xô phát triển từ cuối những năm 1970 đến đầu những năm 1980 và chỉ còn 1 trong tổng số 3 chiếc Kashalot vẫn còn hoạt động.
Ngoài mục đích như một tàu ngầm trinh sát và nghiên cứu khoa học, Kashalot còn có thể được sử dụng để chuyên chở lực lượng biệt kích dưới nước cho các nhiệm vụ tác chiến đặc biệt.
Tàu ngầm hạt nhân Paltus Project 1851
Tàu ngầm hạt nhân Project 1851 được phát triển dựa trên thành công của Project 1910, nó được thiết kế để có thể thực hiện các hoạt động tuần tra trinh sát đặc biệt dưới nước, cũng như gây nhiễu điện tử của Hải quân Nga trong thời kỳ Chiến tranh Lạnh. Bên cạnh đó tàu ngầm hạt nhân thuộc Project 1851 còn thể được sử dụng cho các hoạt động tìm kiếm cứu nạn và nghiên cứu khoa học dưới biển.
Tàu ngầm hạt nhân lớp Losharik Project 10.831
Tàu ngầm hạt nhân Losharik Project 10.831 là dự án tàu ngầm nước sâu tiếp theo của Hải quân Liên Xô sau Project 1851 và Project 1910.
Losharik là dự án tàu ngầm tuyệt mật của Hải quân Liên Xô trong Chiến tranh Lạnh với thiết kế khá đặc biệt và toàn bộ thân tàu đều được làm bằng Titan. Có một điểm thú vị là tàu ngầm hạt nhân Project 10.831 lại được lấy theo tên một nhân vật hoạt hình của Liên Xô và chỉ có một chiếc tàu ngầm duy nhất thuộc Project 10.831 được Liên Xô đưa vào trang bị.
Vào mùa thu năm 2012, tàu ngầm hạt nhân lớp Delta mang tên BS-136 Orenburg (dài 155m) mang theo tàu ngầm hạt nhân Losharik (dài 60m) trong một khoang chứa đặc biệt khi thực hiện một cuộc tập trận dưới vùng biển Bắc Cực, cả hai tàu đều lặn ở độ sâu từ 2.500-3.500m.
Đầu năm nay, tàu ngầm hạt nhân Losharik một lần nữa trở thành tâm điểm trên các diễn đàn quân sự ở Nga, khi một Blogger vô tình phát hiện ra nó xuất hiện trên một trang bìa tạp chí xe hơi Top Gear ấn bản ở Nga. Theo đó, Losharik đã vô tình lọt vào trong bức ảnh khi di chuyển dọc một bờ biển, mặc dù bức ảnh này được chụp vào năm 2007 nhưng chừng đó cũng đã đủ khiến các nhà phân tích quân sự thế giới quan tâm.
Tàu ngầm hạt nhân Orenburg (BS-136).
Tàu ngầm hạt nhân Project 667BDR Orenburg (BS-136)
Tàu ngầm hạt nhân Orenburg (BS-136) là một trong những tàu ngầm hạt nhân Project 667BDR (NATO định danh Delta III) của Hải quân Liên Xô và Nga sau này, nó được đưa vào sử dụng từ đầu những năm 1980. BS-136 được thiết kể để có thể mang theo các tàu ngầm nhỏ hơn di chuyển đến các vùng biển nước sâu.
Đến năm 2002, Hải quân Nga cải tiến tàu ngầm Orenburg, khoang tên lửa đạn đạo được loại bỏ thay vào đó là một khoang đặc biệt nằm phía dưới có thể mang theo được một tàu ngầm hạt nhân mini. Thiết kế này giúp BS-136 hoạt động dễ dàng hơn trong mọi vùng biển mà không sợ đối phương phát hiện.