20h25 ngày 3/9, tức 13 giờ sau khi tàu SE3 tông vào máy xúc làm đầu máy và hai toa bị lật nghiêng, đường sắt Bắc - Nam đoạn qua huyện Bố Trạch (Quảng Bình) đã thông tuyến.
Ông Ngô Cao Vân, Phó tổng giám đốc Tổng công ty Đường sắt Việt Nam, cho biết ban đầu các tàu chỉ được chạy 5 km/h để theo dõi biến đổi của đường, sau đó sẽ tiếp tục sửa chữa để nâng dần tốc độ tàu.
Có mặt tại hiện trường chỉ đạo cứu hộ, ông Vân thông tin ngành đường sắt huy động 300 nhân công, hai đầu máy cẩu chuyên dụng từ TP Đồng Hới (Quảng Bình) và Vinh (Nghệ An) đến giải cứu đoàn tàu SE3. Ngành cũng thuê thêm một cần cẩu đường bộ để phối hợp.
Đến cuối ngày, hai toa tàu lần lượt được cẩu ra khỏi đường ray, đặt về một bên cách khoảng hai mét. Riêng đầu tàu lật rời khỏi đường ray vẫn nằm nguyên vị trí. Ngành đường sắt sẽ điều động máy cẩu 100 tấn từ Hà Nội vào để đưa đầu máy và hai toa xe về Hà Nội sửa chữa.
Vào 7h30 cùng ngày, đoàn tàu SE3 từ Hà Nội vào Nam, khi đến cung đường Ngân Sơn - Thọ Lộc (xã Cự Nẫm, Bố Trạch, Quảng Bình) thì tông phải xe máy xúc đang qua đường ngang dân sinh. Đầu tàu lật khỏi đường ray, hai toa sau nghiêng 45 độ, trật khỏi ray. Ngoài ra, khoảng 70 mét ray bị hư hỏng, xô đẩy.
Ngay sau sự cố, ngành đường sắt huy động xe khách để trung chuyển hành khách giữa ga Quảng Bình và ga Ngân Sơn.