Để tới hậu quả như ngày hôm nay, theo TS Nguyễn Xuân Thủy là do Bộ GTVT quá yếu kém trong công tác quản lý, thực hiện nhiệm vụ của chủ đầu tư nên dẫn tới các vấn đề phát sinh hôm nay. Đặc biệt, Bộ GTVT đã không có những con người đủ năng lực để giám sát, chấn chỉnh nhà thầu Trung Quốc thực hiện đúng cam kết. “Do nhà thầu Trung Quốc chưa chuyển giao đầy đủ thủ tục, nên dù đã chạy thử cả năm, vẫn không ai dám đánh giá đủ điều kiện để đưa vào khai thác thương mại. Dù nhà thầu Trung Quốc không thực hiện đúng cam kết, nhưng không xử lý được, điều này cũng do Bộ GTVT là chủ đầu tư trước đây ký hợp đồng chưa tốt”, ông Thuỷ nói.
Về bài học cho Việt Nam, ông Thuỷ cho rằng, với các dự án quan trọng, đặc biệt lần đầu Việt Nam đầu tư cần sự chuẩn bị kỹ càng hơn. Trước tiên là chuẩn bị về nhân lực chuyên môn, quản lý, đưa ra các tình huống để dự báo, ký hợp đồng chặt chẽ, ràng buộc về giá cả, tiến độ, có chế tài xử lý cụ thể. Vì nếu bộ máy quản lý kém, sẽ bị nhà thầu chi phối, và trường hợp đường sắt Cát Linh - Hà Đông sẽ còn lặp lại, còn kéo dài thì Việt Nam còn phải trả lương cho các chuyên gia và nhân lực của họ.
Đi liền với đó phải có chính kiến trong chọn nhà thầu, để chọn nhà thầu tốt, không phải vì sử dụng vốn ODA, mà nước cho vay chỉ định nhà thầu nào cũng phải chấp nhận. Ngoài ra, cũng không nên lạm dụng, phụ thuộc vào các khoản vay ODA, các yếu tố giá cả để đấu thầu dự án mà bỏ qua các vấn đề về tiến độ, chất lượng. Vì sau cùng, nếu ban đầu đấu thầu giá rẻ, nhưng thi công chậm, sử dụng hay hư hỏng thì còn tốn kém, chi phí đầu tư lớn hơn chọn đắt từ đầu nhưng tốt.