Theo Bộ Tài chính, tại Phụ lục B - Bảo lãnh Chính phủ (GGU) với nhà đầu tư nhà máy lọc hóa dầu Nghi Sơn, có điều khoản: Trong 10 năm đầu kể từ ngày nhà máy vận hành thương mại (dự kiến năm 2017), Cty Nghi Sơn có thể áp dụng mức giá bán buôn tại cổng nhà máy là giá nhập khẩu cộng thuế nhập.
Trong đó, mức nhập khẩu được tính là 7% đối với sản phẩm lọc dầu (xăng, dầu), 5% cho khí hóa lỏng (LPG) và 3% đối với sản phẩm hóa dầu. Trong thời hạn trên (10 năm), nếu Nhà nước Việt Nam quy định mức thuế nhập khẩu thấp hơn, Chính phủ Việt Nam bảo đảm Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) sẽ thanh toán cho Cty Nghi Sơn số tiền chênh lệch (giữa thuế suất nhập khẩu thực tế và mức cam kết trong bảo lãnh Chính phủ). Quy định này được áp dụng trong mọi trường hợp Cty Nghi Sơn bán sản phẩm của mình cho thị trường nội địa (dù bán thông qua PVN hay bên bao tiêu khác).
Hiện mức thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) của Việt Nam với sản phẩm lọc dầu là: 7% (gồm dầu diezel, dầu hỏa, dầu mazut, xăng máy bay, nhiên liệu bay); 20% đối với xăng; 5% đối với khí hóa lỏng và 1% đối với sản phẩm hóa dầu. Theo Bộ Tài chính, mức thuế nhập khẩu đối với sản phẩm lọc dầu và khí hóa lỏng đã đảm bảo phù hợp với cam kết của Chính phủ với nhà máy lọc hóa dầu Nghi Sơn.
Tuy nhiên, thuế nhập khẩu với sản phẩm hóa dầu hiện tại (1%) vẫn thấp hơn mức cam kết của Chính phủ với Nghi Sơn (3%). Bộ Tài chính lý giải, mức thuế với sản phẩm hóa dầu hiện tại là 1% nhằm giúp ngành nhựa giảm chi phí đầu vào, nếu để mức thuế 3% sẽ khiến giá bán các mặt hàng nhựa sản xuất tại Việt Nam cao hơn các nước khác có ký kết Hiệp định thương mại tự do (FTA) với Việt Nam (do thiếu các sản phẩm hóa dầu trong các FTA đã về 0%).
Dự kiến, năm 2017, Nhà máy lọc hóa dầu Nghi Sơn sẽ đi vào hoạt động, nên Bộ Tài chính đề nghị Chính phủ điều chỉnh tăng mức thuế nhập khẩu ưu đãi với sản phẩm hóa dầu từ 1% lên 3%, nhằm đảm bảo phù hợp với cam kết của Chính phủ với Nghi Sơn.
