Theo thông tin Tiền Phong thu thập được, một trong những khó khăn tìm nguyên nhân của sự cố môi trường biển miền Trung, vào đầu tháng 4/2016, là do Bộ TN&MT chấp thuận cho Formosa xả ngầm ra biển với đường ống dài 1,3km, thay vì xả ra sông Quyền rồi mới ra biển như trong Báo cáo đánh giá tác động môi trường (ĐTM) 2008 đã được bộ này phê duyệt. Điều lạ, sự thay đổi vị trí xả thải quan trọng này lại được thông qua bởi Báo cáo ĐTM cảng Sơn Dương năm 2013 (do thay đổi quy mô công suất cảng nên theo quy định Formosa phải lập lại Báo cáo ĐTM), chứ không hề có một Báo cáo ĐTM riêng cho việc thay đổi vị trí xả thải.
Không dừng lại ở đó, ngày 27/1/2015, Bộ TN&MT còn có công văn số 239, “đặc cách” cho phép Formosa Hà Tĩnh áp dụng việc kiểm soát các thông số Dioxin, VOC, Cd, Pb trong khí thải giai đoạn thiêu kết cao hơn QCVN 51:2013/BTNMT. Trước sức ép của các cơ quan thanh, kiểm tra và dư luận, ngày 22/6/2017, Bộ TN&MT buộc phải ra công văn số 3158 thay thế công văn nói trên, yêu cầu Formosa Hà Tĩnh thực hiện việc kiểm soát các thông số khí thải giai đoạn thiêu kết theo đúng QCVN 51:2013.
Công văn thay thế, do Thứ trưởng Võ Tuấn Nhân ký có nội dung: Thực hiện thông tư số 32/2013/TT-BTNMT ngày 25/10/2013 của Bộ TN&MT ban hành quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về môi trường, Bộ TN&MT yêu cầu: Công ty TNHH Gang thép Hưng Nghiệp Formosa Hà Tĩnh thực hiện việc kiểm soát các thông số về khí thải của công đoạn thiêu kết theo đúng quy định tại QCVN 51:2013/BTNMT - Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về khí thải công nghiệp sản xuất thép.
Công văn này thay thế công văn số 239/BTNMT - TCMT ngày 27/1/2015 của Bộ TN&MT về việc kiểm soát các thông số Dioxin, VOC, Cd, Pb trong khí thải công đoạn thiêu kết của Công ty TNHH Gang thép Hưng Nghiệp Formosa Hà Tĩnh.
Như Tiền Phong đã thông tin, mặc dù QCVN 51:2013 quy định hàm lượng oxy tham chiếu của công đoạn thiêu kết là 7%, tuy nhiên, Bộ TN&MT đã có văn bản cho phép Formosa Hà Tĩnh áp dụng hàm lượng này lên 15%. Động thái này nhằm pha loãng nồng độ độc hại của các chất gây ô nhiễm trong khí thải tại các lò thiêu kết của Formosa, nhằm “lách” các thông số về bảo vệ môi trường.
