Trong đó nguyên nhân chủ yếu được đề cập như: Thay đổi thiết kế (thiết kế nhà ga từ 2 lên 3 tầng làm tăng 84,2 triệu USD; thay đổi vật liệu vỏ tàu làm tăng 3,19 triệu USD); thay đổi hạng mục, biện pháp thi công (xử lý nền đất yếu tại ga đầu mối làm tăng 13,54 triệu USD; thay đổi địa điểm đúc dầm làm tăng hơn 10 triệu USD), trượt giá làm đội thêm 95 triệu USD; tăng chi phí giải phóng mặt bằng (88 triệu USD) và kinh phí đào tạo nhân lực vận hành cũng tăng.
Theo Bộ GTVT, việc tăng tổng mức đầu tư có những nguyên nhân về mặt chính sách như: Đây là dự án đường sắt đô thị đầu tiên được triển khai, có nhiều thay đổi từ khâu thiết kế đến thi công; chính sách thực hiện hợp đồng tổng thầu EPC (thiết kế, cung cấp thiết bị công nghệ và thi công xây dựng công trình) giữa Trung Quốc và Việt Nam có sự khác biệt, bị động trong áp dụng thực tế.
Theo quyết định tăng tổng mức đầu tư này, mỗi km của dự án có mức tăng 70 triệu USD/km. Theo TS Nguyễn Xuân Thủy (làm luận án tiến sỹ về tàu điện tại Tiệp Khắc) cho rằng, mức giá này là “quá đắt đỏ” vì mức trung bình của thế giới chỉ khoảng 20-30 triệu USD/km. Một số hạng mục được cho là hết sức đơn giản như thay đổi địa điểm đúc dầm cũng làm đội chi phí hơn 210 tỷ đồng.
Ông Trần Văn Lục, GĐ Ban QLDA Đường sắt (Cục Đường sắt Việt Nam), GĐ dự án này nói: “Việc tăng cao hay thấp rất khó bình luận. Những kiến giải của chúng tôi hiện chỉ mang tính chủ quan. Bản thân tôi đã mời Kiểm toán Nhà nước vào để có những lý giải khách quan, thuyết phục hơn” – ông Lục nói.
Liên quan đến việc lựa chọn Cty hữu hạn Tập đoàn Cục 6 Đường sắt Trung Quốc (đơn vị lần đầu tiên làm tổng thầu EPC), ông Lục thừa nhận: Dù đây là đơn vị thi công nhiều dự án lớn của Trung Quốc như đường sắt lên Tây Tạng; nhưng chỉ là đơn vị mạnh về thi công lắp ráp, chưa nhiều kinh nghiệm về lập và thiết kế dự án. “Tuy nhiên, việc lựa chọn nhà thầu này là bất khả kháng vì được ghi rõ trong hiệp định vay vốn giữa Việt Nam và Trung Quốc” – Ông Lục nói.
