Kết quả kiểm tra kết luận: Nguyên nhân tai nạn là do tài xế Bùi Thái Sơn điều khiển đầu máy tàu E1 chạy vượt tốc độ cho phép 72% là nguyên nhân chính trực tiếp gây ra tai nạn(Cơ quan cảnh sát điều tra Thừa Thiên - Huế cũng đưa ra kết luận này tại công văn số 268/PC14 ngày 07/04/2005).
Công văn nêu rõ, do các hạn chế về tính năng của các loại đầu máy hiện có và khả năng thông tin liên lạc của ngành đường sắt, cho nên khi tài xế lái tàu chạy vượt tốc độ cho phép đã không phát hiện ngăn chặn kịp thời. Về trách nhiệm của các tổ chức cá nhân liên quan, công văn nêu: Tài xế Bùi Thái Sơn phải chịu trách nhiệm trước pháp luật. Lãnh đạo xí nghiệp đầu máy Hà Nội phải chịu trách nhiệm trước cơ quan quản lý cấp trên về nguyên nhân gián tiếp gây ra tai nạn như: giáo dục ý thức tự giác chấp hành các quy định về đảm bảo an toàn chạy tàu của tài xế, quản lý tài xế lên ban...
Lãnh đạo Tổng cục đường sắt Việt Nam và Công ty vận tải đường sắt hành khách Hà Nội phải chịu trách nhiệm về những vấn đề liên quan đến công tác quản lý điều hành. Lãnh đạo Bộ GTVT chịu trách nhiệm trước Thủ Tướng Chính phủ về quản lý Nhà nước trong lĩnh vực ATGT.
Theo công văn, sau khi có kết luận của đoàn kiểm tra, Bộ GTVT sẽ chỉ đạo Tổng GĐ Tổng công ty đường sắt Việt Nam và cơ quan Bộ GTVT kiểm điểm xử lý, tiếp tục báo cáo Chính phủ.
