Bộ Tài chính cho rằng, theo quy định hiện hành, các dự án đường bộ theo hình thức hợp đồng BOT phải đảm bảo phương án thu hồi vốn và lợi nhuận nhà đầu tư. Nếu dự án không có khả năng thu hồi vốn, nhà nước sẽ xem xét sử dụng vốn ngân sách để hỗ trợ, bảo đảm phương án tài chính. Đồng thời, pháp luật chưa quy định bảo lãnh doanh thu cho nhà đầu tư. Vì vậy, khi đề xuất thực hiện dự án giao thông đường bộ theo hình thức BOT, doanh nghiệp phải nghiên cứu cẩn trọng phương án thu hồi vốn và chịu rủi ro về doanh thu.
Bộ Tài chính cho rằng, số tiền phí nhà đầu tư thu được là doanh thu hoạt động kinh doanh của đơn vị. Đơn vị thu phí có nghĩa vụ kê khai, nộp thuế theo quy định. Vì vậy, nếu trích từ tiền thu phí để lập Quỹ bảo đảm an toàn nguồn vốn dự án BOT, để chi trả đảm bảo an toàn vốn của một số dự án khác là không hợp lý, không đúng nguyên tắc tính giá; có thể kéo dài thời gian thu phí của các trạm thu phí, gây khó khăn cho việc hoàn vốn của các dự án.
