Từ đó, những thông tin mật về các kế hoạch chống khủng bố và mạng lưới tình báo, chỉ điểm của Mỹ tại Yemen có nguy cơ bị lộ.
Vụ việc được phát hiện từ tháng 3/2015. Truyền thông Yemen dẫn nguồn tin từ các quan chức Tình báo Mỹ nói rằng, còn rất nhiều tập tài liệu tình báo mật liên quan chương trình chống khủng bố Al-Qaeda của Mỹ đã được lưu giữ tại Yemen sau khi CIA và quân đội Mỹ sơ tán nhân viên ra khỏi Yemen vào tháng 2/2015 khi phiến quân Houthi tấn công và kiểm soát tòa nhà Quốc hội, Chính phủ nước này và kiểm soát hoàn toàn thủ đô Sanaa.
Ngay sau đó, Tổng thống Yemen Abdu Rabu Mansour Hadi rời bỏ thủ đô Sanaa chạy về thành phố biển Aden cố thủ. Toàn bộ những tài liệu, hồ sơ mật quan trọng, trong đó có các tài liệu tình báo hợp tác với Mỹ, đã được để lại và giao cho các quan chức tại Cục An ninh Quốc gia (NSB) - cơ quan trực tiếp phối hợp với CIA của Mỹ - quản lý.
Nguồn tin từ Tình báo Yemen cho biết, khi phiến quân Houthi tiến vào tiếp quản thủ đô Sanaa, những sĩ quan tình báo trung thành với Tổng thống Hadi đã cố gắng đốt bỏ các tài liệu mật nhằm tránh để chúng rơi vào tay phiến quân, nhưng số lượng tài liệu quá lớn, họ không kịp thủ tiêu hết, nên đã bị một số sĩ quan ủng hộ Houthi chiếm lấy và giao cho các chỉ huy phiến quân. Giới chức Tình báo Mỹ đang lo lắng, nghi ngờ rằng các tập tài liệu đó đã được phiến quân Houthi chuyển trực tiếp cho các cố vấn người Iran.
Tổn thất đối với cuộc chiến chống Al-Qaeda của Mỹ tại Yemen từ việc đánh mất tài liệu tình báo được cho là rất nghiêm trọng. Cho đến gần đây, các lực lượng Mỹ triển khai ở Yemen đã hợp tác chặt chẽ với Tổng thống Hadi để theo dõi và tiêu diệt các phần tử Al-Qaeda. Tổng thống Mỹ Barack Obama đã từng có lời khen ngợi Yemen như một hình mẫu chống khủng bố.
Nắm tài liệu tình báo trong tay, nhưng phiến quân Houthi không quan tâm việc chống khủng bố bằng việc truy lùng Tổng thống Hadi. Nhưng, việc thất lạc tài liệu này có thể khiến cho danh tính của các điệp viên tại chỗ và cả các chỉ điểm viên bị bại lộ. Cuộc chiến tại Yemen vốn đã gây nên những tổn thất không nhỏ cho Tổng thống Obama trong cuộc chiến chống khủng bố với việc phải rút toàn bộ mạng lưới gián điệp ra khỏi Yemen. Cộng thêm việc các tài liệu tình báo mật bị thất lạc đã khiến cho ông Obama quyết định tạm ngưng các hoạt động máy bay không người lái tại Yemen trong thời gian 2 tháng.
Tình báo Yemen tan đàn xẻ nghé sau khi quân Houthi chiếm thủ đô Sanaa và tiếp quản nhiều cơ quan chính phủ. Thêm vào đó, mạng lưới các điệp viên nắm rõ về các phần tử Al-Qaeda tại Yemen, còn gọi là Al-Qaeda trên bán đảo Arập (AQAP), đã không còn hoạt động tại Yemen nên càng khó cho việc truy tìm mục tiêu nghi Al-Qaeda. Từ đầu năm 2015 đến nay, Mỹ chỉ thực hiện 4 đợt không kích bằng máy bay không người lái tại Yemen, giảm mạnh so với 23 vụ trong những tháng đầu năm 2014.
Với tình hình Yemen hiện tại, xem ra cuộc chiến chống khủng bố Al-Qaeda của Mỹ tại Yemen đang lâm vào thế bí. Với việc Tổng thống Hadi đang lưu vong tại Arập Xêút, cục diện tại Yemen đang nằm trong sự kiểm soát của phiến quân Houthi. Tuy nhiên, các chuyên gia cảnh báo, Al-Qaeda có thể lợi dụng tình hình hỗn loạn này để khẳng định chỗ đứng của mình và liên kết cộng đồng người Sunni lại để chống sự càn lướt của phiến quân Houthi, theo dòng Shiite. Trong khi phiến quân Houthi chỉ chú tâm lo truy lùng và quyết tiêu diệt Tổng thống Hadi, sẽ là cơ hội tốt nhất cho Al-Qaeda mở rộng tầm ảnh hưởng và phạm vi hoạt động tại Yemen.
Đối với Mỹ mà nói, Al-Qaeda tại Yemen là một mối nguy hiểm lớn. Chi nhánh AQAP từng 2 lần suýt thực hiện thành công các vụ đánh bom khủng bố nhằm vào nước Mỹ vào các năm 2009 và 2010, nhưng may mắn là cả 2 lần quả bom đều được phát hiện trước khi vụ nổ xảy ra. Mất đi các tài liệu tình báo không có nghĩa là Mỹ không thể truy lùng Al-Qaeda tại Yemen, nhưng hoạt động đó sẽ khó khăn hơn rất nhiều so với thời gian trước đây.
