Kết quả xác minh cho thấy, việc chấm công tập luyện và thanh toán tiền công luyện tập ngày Chủ nhật có một số vấn đề. Cụ thể, việc đề xuất và xét duyệt cho các đội tập luyện trong ngày Chủ nhật, ngày nghỉ lễ tràn lan, không chặt chẽ: một giấy đề nghị tập luyện ngày Chủ nhật được sử dụng trong nhiều tháng, chỉ có 1 HLV, hoặc 1 VĐV tập vào ngày Chủ nhật, một số đội tuyển tập vào các ngày nghỉ 1/5, 2/9, các đội tuyển, tuyển trẻ quốc gia tập ngày Chủ nhật ở thời điểm không có mục tiêu, chỉ tiêu, nhiệm vụ rõ ràng là không hợp ly.
Giám đốc Nguyễn Mạnh Hùng bị tố cáo chỉ đạo việc này, sau đó thu lại khoản tiền trên của HLV, VĐV để sử dụng sai mục đích. Theo giải trình của ông Hùng và xác minh của Tổng cục TDTT, các đội tuyển “tự nguyện” đóng góp tiền để Trung tâm tổ chức các sự kiện, như: Lễ kỷ niệm ngày Thể thao Việt Nam 27/3, Lễ xuất quân SEA Games 28, liên hoan cuối năm tại nhà hàng sen Tây Hồ (năm 2012)…
Các khoản thu này không được thể hiện trên sổ sách kế toán. Tuy nhiên, Tổng cục TDTT cho rằng không có đủ cơ sở, căn cứ để khẳng định số tiền các đội tuyển tự nguyện đóng góp để tổ chức các sự kiện có nguồn gốc từ việc thanh toán tiền công tập luyện vào ngày Chủ nhật như trong đơn tố cáo nêu. Việc thu tiền của VĐV vì vậy chỉ được kết luận là chưa phù hợp, do thu nhập của HLV, VĐV chưa cao.
Số tiền phát sinh cho việc chấm công tập luyện các ngày Chủ nhật, nghỉ lễ của HLV, VĐV tại Trung tâm, theo thông tin của Tiền Phong, lên tới gần 4 tỷ đồng.
Trung tâm hàng năm được giao chỉ tiêu biên chế, bao gồm chỉ tiêu hợp đồng bảo vệ. Nhưng bắt đầu từ cuối năm 2011, Trung tâm triển khai việc ký hợp đồng với 1 công ty vệ sĩ bên ngoài, thuê vệ sĩ. Điều bất thường là số bảo vệ sẵn có của Trung tâm được chuyển công tác sang các phòng chuyên môn khác, nhưng vẫn giữ ngạch lương bảo vệ. Hợp đồng thuê 18 người nhưng qua xác minh, lịch trực của tổ bảo vệ không đầy đủ, danh sách người trực không khớp với bảng chấm công Trung tâm.
Giám đốc Nguyễn Mạnh Hùng bị tố trong nhiều năm làm chứng từ khống rút tiền Nhà nước hàng trăm triệu đồng qua việc này. Xác minh của Tổng cục TDTT xác định, việc ký hợp đồng của Trung tâm đã vi phạm Nghị định ngày 9/11/2013 của Chính phủ về bảo vệ cơ quan, doanh nghiệp.
