Theo đó, ngày 26/2, ông Bùi Văn Nam, Tổng cục trưởng Thuế (Bộ Tài chính) nói: “Đến thời điểm này, Tổng cục Thuế vẫn chưa nhận được ý kiến chỉ đạo từ Chính phủ về kết luận của TTCP; chỉ biết thông tin qua báo chí phản ánh”.
Về kiến nghị của TTCP kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với cá nhân có sai phạm, khuyết điểm tại Tổng cục Thuế (do ra công văn sai quy định so với thông tư của Bộ Tài chính), ông Nam hứa “sẽ gặp gỡ trao đổi, trả lời sớm”. Trước đó, ông Ngô Văn Khánh, Phó Tổng TTCP ký kết luận thanh tra về thu ngân sách tại khu chế xuất và doanh nghiệp chế xuất trên địa bàn TP Hà Nội, TPHCM, Bình Dương và Đồng Nai. Theo kết luận này, TTCP cho biết, số tiền thất thu thuế lên tới hàng chục tỷ đồng.
Theo TTCP, sở dĩ để xảy ra tình trạng thất thu thuế lớn là do trách nhiệm của Tổng cục Thuế trong việc hướng dẫn chính sách thuế và ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) thiếu thống nhất, tạo nên bất bình đẳng giữa các doanh nghiệp khi áp dụng ưu đãi. TTCP cũng cho biết, công văn của Tổng cục Thuế hướng dẫn xác định doanh thu, thu nhập chịu thuế, phương pháp chuyển lỗ và thời gian ưu đãi thuế TNDN đối với Cty Loteco (Đồng Nai) là không đúng quy định.
“Theo thẩm quyền quản lý cán bộ, tiến hành kiểm điểm, xử lý trách nhiệm và chỉ đạo kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với các cá nhân có sai phạm, khuyết điểm tại Tổng cục Thuế”, TTCP kiến nghị với Bộ Tài chính.