Tháng 11/2016, Thanh tra Bộ GĐ&ĐT đã vào cuộc thanh tra trường Đại học Tân Tạo. Tại thời điểm thanh tra, trường Đại học Tân Tạo được giao đào tạo 11 ngành, 56 giảng viên, có 464 sinh viên, trong đó khoa y có 388 sinh viên, khoa kinh tế 45 sinh viên, khoa kỹ thuật 6 sinh viên, khoa Nhân và và ngôn ngữ 9 sinh viên, khoa công nghệ sinh học 16 sinh viên. Trong khi đó, theo đề án thành lập trường dự kiến đến năm 2015 sẽ có 4.500 sinh viên, 320 giảng viên cơ hữu.
Về tổ chức, sau khi hết nhiệm kì 2011-2016, trường đã có tờ trình gửi UBND tỉnh Long An đề nghị công Cụ nhận hội đồng quản trị (HĐQT) gồm 10 người, do bà Đặng Thị Hoàng Yến làm chủ tịch. Tuy nhiên, do hồ sơ không có đủ thành phần theo quy định (thiếu một cán bộ của Sở GĐ&ĐT) nên HĐQT nhiệm kì 2016-2021 của trường chưa được công nhận.
Tại thời điểm tiến hành thanh tra, trường không có hiệu trưởng (kể từ tháng 8/2015), hiện chỉ có 3 phó hiệu trưởng. Hội đồng khoa học và đào tạo của trường được thành lập với 14 thành viên, nhưng việc thành lập và tổ chức hoạt động lại chưa đúng quy định của Luật Giáo dục Đại học.
Trường đã ban hành quy chế tổ chức và hoạt động chưa đúng quy định theo Điều lệ trường đại học kèm theo Quyết định số 58/2010/QĐ-TTg, chưa kịp thời sửa đổi bổ sung quy chế tổ chức và hoạt động theo quy định của Điều lệ trường đại học kèm theo Quyết định 70/2014/QĐ-TTg.
Bên cạnh đó, trường Đại học Tân Tạo hoạt động trong khi số lượng giảng viên có trình độ theo quy định thiếu. Cụ thể, có tới 3 khoa của trường hiện không có trưởng khoa, các ngành kỹ thuật điện - điện tử, khoa học máy tính, sinh học ứng dụng, tài chính – ngân hàng, kế toán và kinh doanh quốc tế thiếu, tổng cộng 8 giảng viên cơ hữu có trình độ thạc sĩ đúng chuyên ngành.
Trường có 14 giảng viên có bằng tốt nghiệp do cơ sở giáo dục nước ngoài cấp chưa thực hiện công nhận tương đương văn bằng; 55 giảng viên chưa có chứng chỉ bồi dưỡng nghiệp vụ sư phạm. Nội dung hợp đồng kí với các giảng viên cũng chưa đầy đủ, đúng quy định.
Về công tác tuyển sinh, trường tuyển sinh cả ngành đã bị đình chỉ. Năm 2015, trường Đại học Tân Tạo đã tự xác định 500 chỉ tiêu tuyển sinh hệ đại học chính quy. Trong số này, trường vẫn tiếp tục tuyển sinh ngành kỹ thuật công trình xây dựng đã bị Bộ GD&ĐT đình chỉ từ năm 2013.
Ngoài ra, Thanh tra Bộ GD&ĐT khẳng định trường chưa công khai mức dự kiến học phí cho cả khóa học theo đúng quy định. Cụ thể, trường đã 8 lần có văn bản thông báo thay đổi mức học phí trong vòng 3 năm (từ năm 2014-2016).
Riêng năm 2016, trường thông báo tăng mức học phí, đồng thời thu phí học lại 3.060 USD/môn, thi lại 1.020 USD/môn đối với sinh viên khoa y; các khoa khác: lý thuyết 202 USD/tín chỉ, thực hành 300 USD/tín chỉ; trễ hạn đăng ký môn học, đóng học phí phải nộp 1 triệu đồng và chịu lãi suất 1 %/tháng.
Với những sai phạm trên, Thanh tra Bộ GD&ĐT đã có hàng loạt kiến nghị đối với trường Đại học Tân Tạo. Trong đó, trường cần kiện toàn tổ chức bộ máy, ban hành quy chế tổ chức và hoạt động; tổ chức tuyển dụng bổ sung đội ngũ giảng viên có trình độ thạc sĩ, tiến sĩ đúng ngành; thực hiện và duy trì mức thu học phí theo đúng thông tin tuyển sinh, đồng thời công khai theo quy định; rà soát và đề xuất hướng xử lý số sinh viên trúng tuyển không có trong đề án; cấp bằng tốt nghiệp đúng theo mẫu. Trường phải giải quyết kịp thời những thắc mắc, nguyện vọng chính đáng, hợp pháp của sinh viên và phụ huynh; chấn chính việc ban hành các văn bản có nội dung không đúng gây bức xúc, làm bất ổn tình hình chung.
Về phía Bộ GĐ&ĐT, Thanh tra kiến nghị Bộ trưởng Bộ GD&ĐT giao Vụ Giáo dục Đại học tham mưu trình lãnh đạo bộ phương án xử lý đối với các ngành không đảm bảo điều kiện về giảng viên cơ hữu có trình độ thạc sĩ đúng ngành và ngành; giao Vụ Kế hoạch - Tài chính hướng dẫn trường thực hiện quy định về học phí và thực hiện các nội dung công khai,…
