Trước đó, ngày 6/9/2013, TAND tỉnh Vĩnh Phúc đã mở phiên tòa sơ thẩm xét xử vụ án "Giết người" với các hình phạt: Phùng Mạnh Tuấn án tử hình; Phùng Đắc Tú và Đặng Quốc Tú cùng án chung thân; Nguyễn Văn Định 20 năm tù giam; Nguyễn Văn Tình 18 năm tù giam; Nguyễn Văn Bính 12 năm tù giam. Bị cáo Nguyễn Anh Tuấn 3 năm tù về tội "Che giấu tội phạm" và bị cáo Nguyễn Duy Hiệp 2 năm 6 tháng tù về tội "Không tố giác tội phạm".
Về trách nhiệm dân sự, tòa buộc 6 bị cáo tội "Giết người" phải bồi thường các khoản chi phí cho gia đình bị hại 240 triệu đồng, trợ cấp nuôi dưỡng 2 con nhỏ của anh Nguyễn Tuấn Anh đến năm các cháu đủ 18 tuổi, mỗi tháng 575.000 đồng/cháu. Các bị cáo phải bồi thường 69 triệu đồng tổn thất về tinh thần cho gia đình bị hại.
Tuy nhiên, sau khi phiên tòa kết thúc, 6 bị cáo phạm tội "Giết người" đã gửi đơn kháng án vì cho rằng bản án cấp sơ thẩm đã tuyên là quá nặng. Phía gia đình bị hại cũng đã gửi đơn kháng án vì cho rằng tòa án cấp sơ thẩm đã bỏ lọt tội phạm và việc bồi thường của các bị cáo đối với gia đình là chưa tương xứng...
Tại phiên tòa phúc thẩm (6.3.2014), TAND Tối cao đã tuyên hủy án sơ thẩm để điều tra lại nhằm làm rõ thêm một số nội dung liên quan đến vụ án này.
Kết quả điều tra bổ sung của các cơ quan tiến hành tố tụng tỉnh Vĩnh Phúc xác định, không có sự thay đổi về nội dung vụ án cũng như vai trò của các bị can và tội danh đã khởi tố. Các bị can bị truy tố về tội "Giết người" với tình tiết định khung tăng nặng do có tính chất côn đồ. Phùng Đắc Tú và Đặng Quốc Tú còn phải chịu thêm tình tiết định khung tăng nặng là tái phạm nguy hiểm.
Trong quá trình điều tra, riêng bị can Đặng Quốc Tú không thừa nhận hành vi phạm tội, còn lại các bị can đều thành khẩn khai nhận hành vi phạm tội như đã truy tố. Cơ quan giám định xác định nạn nhân tử vong do ngạt nước. Cơ quan điều tra cũng xác định, việc thực nghiệm điều tra theo yêu cầu cho người chìm xuống nước, chui từ cống 2A qua cống 2B của kênh nước ở địa điểm xảy ra vụ án là không thể thực hiện vì trạng thái người đóng thế không đủ tiêu chí của nạn nhân thời điểm đó như: Uống nhiều rượu, tinh thần hoảng loạn.
Theo nội dung vụ án, khoảng 23h30 ngày 14.3.2013, anh Tuấn Anh và Nguyễn Duy Hiệp vào quán ăn đêm ở Quán Tiên. Do đã uống nhiều rượu bia nên khi gặp 6 đối tượng là Phùng Đắc Tú, Đặng Quốc Tú, Nguyễn Mạnh Tuấn, Nguyễn Văn Tình, Nguyễn Văn Định, Nguyễn Văn Bính đang ngồi uống rượu, anh Tuấn Anh đã có lời lẽ gây mâu thuẫn và bị cả nhóm đuổi đánh.
Khi bị truy đuổi, anh Tuấn Anh đã bỏ chạy vào bờ kênh bên phải của kênh 2A song song với tỉnh lộ 305 hướng đi huyện Yên Lạc. Chạy được 10m, anh Tuấn Anh bị ngã nên đã bị Mạnh Tuấn, Định, Tình đuổi kịp, dùng chân tay đấm, đá tới tấp. Anh Tuấn Anh dậy được, nhảy xuống kênh 2A lội sang bờ kênh bên phải tiếp giáp đường 305. Mạnh Tuấn bảo Định và Tình đuổi chặn bên phải còn mình chạy phía bên trái để đuổi.
Khi rẽ vào đường tỉnh lộ 305 được khoảng 15m, Mạnh Tuấn thấy Đắc Tú giữ được anh Tuấn Anh bên bờ kênh. Bị khống chế, anh Tuấn Anh quỳ hai gối xuống bờ kênh, hai tay ôm gáy, còn cả nhóm Mạnh Tuấn, Đắc Tú, Quốc Tú, Bính dùng tay chân đấm đá túi bụi. Anh Tuấn Anh cố vùng dậy để chạy thì bị Mạnh Tuấn đạp vào mông ngã sấp xuống mương nước. Không thấy anh Tuấn Anh đâu, các đối tượng bỏ về. Sau đó thi thể anh Tuấn Anh được phát hiện vào sáng 17.3.2013 trong đường cống.
