Theo Thanh tra Chính phủ, kiểm tra việc tuyển sinh đào tạo sau đại học liên kết với nước ngoài cho thấy nhiều học viên trúng tuyển thiếu điều kiện yêu cầu về kinh nghiệm công tác, thiếu chứng chỉ ngoại ngữ hoặc có chứng chỉ ngoại ngữ nhưng không đúng yêu cầu, một số trường hợp thiếu cả hai điều kiện về ngoại ngữ và kinh nghiệm.
Công tác đào tạo thạc sĩ trong nước cũng để xảy ra tình trạng một số học viên trúng tuyển chưa đảm bảo điều kiện dự thi theo quy định của Bộ GD&ĐT cũng như quy chế đào tạo trình độ thạc sĩ của trường. Số lượng học viên nhiều nhưng lực lượng giảng viên giảng dạy và cán bộ quản lý còn thiếu; tài liệu, sách tham khảo còn ít… đã ảnh hưởng đến chất lượng đào tạo…
Mặt khác, đoàn thanh tra còn xác định trong tuyển sinh, đào tạo liên thông cao đẳng lên đại học, ĐH Mở TPHCM đã tuyển sinh vượt chỉ tiêu được duyệt; việc tổ chức đào tạo, quản lý đào tạo vào ban đêm cấp bằng đại học chính quy là không đúng quy định.
Không chỉ thu một số khoản vượt và nằm ngoài danh mục quy định, ĐH Mở TPHCM còn sử dụng quỹ ổn định thu nhập không đúng quy định. Năm 2010, trường bổ sung từ quỹ ổn định thu nhập vào quỹ phúc lợi 15 tỷ đồng và quỹ khen thưởng 8 tỷ đồng để chi cho CBCNV. Năm 2011, trường đã chi từ quỹ ổn định thu nhập để hỗ trợ ổn định thu nhập cho CBCNV với số tiền hơn 1 tỷ đồng không có đủ cơ sở.
Trong công tác quản lý đầu tư xây dựng một số dự án, ĐH Mở TPHCM cũng để xảy ra nhiều sai sót, điển hình như: phê duyệt kế hoạch đấu thầu, xử lý tình huống đấu thầu vượt thẩm quyền; nghiệm thu, quyết toán một số công việc không chính xác về khối lượng, đơn giá, định mức, quyết toán cao hơn thực tế thi công...
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Bộ GD&ĐT chỉ đạo khắc phục các khuyết điểm, sai phạm, chấn chỉnh công tác quản lý. Đồng thời, chỉ đạo kiểm điểm rút kinh nghiệm đối với tập thể Ban Giám hiệu; kiểm điểm, xử lý trách nhiệm cá nhân đối với Hiệu trưởng và các phó hiệu trưởng thời kỳ từ 2007 - 2012 liên quan các sai phạm.
