Theo Bộ GTVT, từ năm 2017, theo Luật Phí và lệ phí, Luật Ngân sách nhà nước, toàn bộ nguồn thu của Quỹ bảo trì đường bộ phải nộp về ngân sách nhà nước. Sau đó, ngân sách nhà nước sẽ chi cho hoạt động bảo trì đường bộ từ trung ương tới địa phương.
Do đó, Bộ GTVT kiến nghị Thủ tướng giao việc quản lý, chi sử dụng Quỹ Bảo trì đường bộ trung ương cho bộ này quản lý và giải thể Văn phòng quỹ.
Trước đó, Bộ Tài chính cũng kiến nghị giải tán Hội đồng Quản lý Quỹ Bảo trì đường bộ cho phù hợp quy định mới. Khi quy định mới tiền thu quỹ phải nộp về ngân sách và chi theo nhiệm vụ hằng năm, nhưng Hội đồng Quản lý quỹ vẫn theo cơ chế cũ, với đại diện là Bộ GTVT, Tài chính, KH&ĐT… quyết định về thu, chi quỹ, dẫn tới chồng chéo, không hiệu quả.