Theo đó, đoàn kiểm tra liên ngành, ngoài các đơn vị chuyên môn của Bộ NN&PTNT, còn có đại diện của Bộ TN&MT, Bộ Xây dựng, Bộ VH-TT&DL, Bộ Tài chính và đại diện của địa phương nơi đoàn đến kiểm tra.
Đoàn liên ngành này sẽ kiểm tra các hoạt động kinh doanh, dịch vụ du lịch sinh thái, đánh giá kết quả thực hiện, đề xuất hoàn thiện cơ chế chính sách, và chấn chỉnh những sai phạm.
Có 8 Vườn quốc gia, khu bảo tồn được kiểm tra lần này là: Khu rừng quốc gia Yên Tử (Quảng Ninh), Vườn quốc gia Hoàng Liên (Lào Cai), Vườn quốc gia Ba Bể (Bắc Kạn), Vườn quốc gia Phong Nha-Kẻ Bàng (Quảng Bình), Khu bảo tồn thiên nhiên Bà Nà-Núi Chúa (Đà Nẵng), Vườn quốc gia Núi Chúa (Ninh Thuận), Vườn quốc gia Phú Quốc (Kiên Giang) và Vườn quốc gia Côn Đảo (Bà Rịa-Vũng Tàu).
Trước đó, Tổng cục Lâm nghiệp (Bộ NN&PTNT) đã có kết luận thanh tra, trong đó đề xuất kiểm điểm, xử lý nhiều cán bộ liên quan đến những sai phạm liên quan vụ xây dựng khu nghỉ dưỡng Le Mont Bavi Resort & Spa ở Vườn quốc gia Ba Vì.
Theo kết luận thanh tra, việc Vườn quốc gia Ba Vì ký kết hợp đồng liên kết với 4 công ty (Cty TNHH phát triển công nghệ (CFTD), Cty CP Đầu tư du lịch Pco Việt Nam; Cty CP Đầu tư Ba Vì, Cty TNHH Quảng Long) khi chưa có các đề án được phê duyệt, thời gian hợp đồng tới 53 năm, là chưa đúng chỉ đạo của Bộ NN&PTNT.
Một số nội dung trong hợp đồng liên kết thiếu chặt chẽ, nhất là vấn đề giao rừng, đất nông nghiệp, tài sản cho đơn vị liên kết; việc quy định trong hợp đồng cho phép đơn vị liên kết được thưởng 10 % tiền vé vào cửa là chưa đúng quy định hiện hành về quản lý tài chính. Trách nhiệm để xảy ra thiếu xót khuyết điểm trên thuộc về giám đốc, các cán bộ có liên quan của Vườn quốc gia Ba Vì ở thời điểm ký kết hợp đồng 8/2008…
Kết luận thanh tra cũng chỉ ra nhiều vấn đề thuộc trách nhiệm của lãnh đạo và chuyên viên Vụ Bảo tồn thiên nhiên và Vụ kế hoạch, Tài chính (thuộc Tổng cục Lâm nghiệp).
Từ những sai phạm trên, Tổng cục Lâm nghiệp kiến nghị, Vườn quốc gia Ba Vì tổ chức kiểm điểm trách nhiệm cá nhân, tập thể thuộc thẩm quyền của vườn; rà soát, điều chỉnh các hợp đồng liên kết kinh doanh dịch vụ du lịch sinh thái theo hướng cho thuê môi trường rừng; thời gian cho thuê tối đa là 30 năm, sau đó, toàn bộ tài sản, công trình xây dựng thuộc sở hữu của Vườn quốc gia Ba Vì.
Vườn quôc gia Ba Vì phải tổ chức quản lý chặt chẽ, toàn diện tài nguyên, tài sản đất đai khu vực cho thuê môi trường rừng với trách nhiệm là chủ rừng, chủ sử dụng đất; điều chỉnh, mức thu theo doanh thu cho thuê môi trường rừng theo Nghị định 109 của Chính phủ.
Tiếp tục đình chỉ hoạt động tôn tạo, xây dựng , kinh doanh du lịch sinh thái tại cos 600, 700, 800 của Cty CFTD đến khi đề án thuê môi trường rừng và Dự án đầu tư xây dựng khu du lịch sinh thái trong khu vực hành chính, dịch vụ I-Vườn quốc gia Ba Vì được phê duyệt.
