Theo đó, phương án 1, xây dựng cầu đường sắt mới tại vị trí cầu tương ứng với nghiên cứu của tuyến đường sắt đô thị số 1 của Hà Nội (Yên Viên - Ngọc Hồi). Đồng thời xây dựng cầu đường bộ mới cách cầu Đuống hiện tại về phía hạ lưu khoảng 100m theo quy hoạch. Phương án này, cầu đường sắt cần vốn khoảng 1.700 tỷ đồng, cầu đường bộ khoảng 850 tỷ đồng.
Phương án 2, cải tạo cầu Đuống hiện có theo phương pháp nâng - hạ nhịp cầu giữa để phương tiện thủy đi qua, đảm bảo chuẩn tắc luồng chạy tàu cấp 2 (tĩnh không 9,5 m, bề rộng 50m). Và nghiên cứu xây dựng cầu đường bộ mới về phía hạ lưu. Trong đó, chi phí sửa chữa cầu hiện tại khoảng 360 tỷ đồng, đầu tư cầu đường bộ mới dự kiến 850 tỷ đồng.
Theo Bộ GTVT, việc phải sửa chữa, xây mới cầu Đuống để phục vụ lưu thông vận tải thủy. Theo đó, tuyến vận tải thủy Việt Trì - Quảng Ninh đã nâng cấp, mở rộng đảm bảo thông tàu 800 tấn. Tuy nhiên, do vướng cầu Đuống, tĩnh không thấp, khoang thông thuyền hẹp, nên đoạn sông này chỉ hoạt động được tàu 600 tấn, sà lan container phải đợi nước xuống để qua cầu.
Ngoài ra, trụ cầu Đuống hiện nay cũng làm dòng chảy qua đây phức tạp, xoáy ngược, nguy hiểm cho phương tiện thủy trong mùa bão lũ.
