Cụ thể, Bộ trưởng GTVT cho hay, dự án nạo vét gắn với tận thu sản phẩm trên sông Cầu được chuẩn bị từ năm 2014 với sự đồng ý của UBND tỉnh Bắc Ninh và UBND tỉnh Bắc Giang.
Dự án chính thức thi công từ ngày 4/5/2015 (có dừng thi công trong mùa mưa lũ). Từ ngày 11/3/2016 đến 30/11/2016, dự án tạm dừng theo đề nghị của UBND tỉnh Bắc Ninh để kiểm tra luồng sông.
Trong quá trình đó, ngày 26/10/2016, sau khi kiểm tra hiện trường, Cục Đường thuỷ có công văn cho phép nhà đầu tư tiếp tục thực hiện dự án tại Bắc Giang, chỉ được thực hiện tại Bắc Ninh khi UBND tỉnh Bắc Ninh đồng ý.
Ngày 26/10/2016, UBND tỉnh Bắc Ninh tiếp tục có văn bản đề nghị dừng dự án để khai thác luồng. Sau đó, ngày 1/12/2016, Cục Đường thuỷ có văn bản tạm dừng thực hiện dự án.
Ngày 6/12/2016, Cục Đường thuỷ nội địa (Cục Đường thuỷ) lại có báo cáo Bộ GTVT về dự án và Bộ GTVT giao Cục Đường thuỷ phối hợp với UBND tỉnh Bắc Ninh – Bắc Giang kiểm tra luồng dự án.
Việc kiểm tra luồng được thực hiện ngày 9/1/2017 với sự tham gia của đại diện cơ quan chức năng của tỉnh Bắc Ninh (Văn phòng UBND tỉnh, các sở liên quan và UBND huyện Quế Võ). Đoàn kiểm tra thực hiện kiểm tra xác xuất 4/11 điểm có khả năng khan cạn; kết quả có 3/4 điểm kiểm tra không đạt chuẩn tắc luồng.
Trên cơ sở đó, ngày 22/2/2017, Bộ GTVT có văn bản đề nghị UBND tỉnh Bắc Ninh, Bắc Giang hỗ trợ nhà đầu tư thực hiện dự án để đảm bảo chuẩn tắc luồng.
Tại cuộc họp giữa Bộ trưởng Bộ GTVT Trương Quang Nghĩa và lãnh đạo tỉnh Bắc Ninh ngày 23/2/2017, trên cơ sở báo cáo của Cục Đường thuỷ, Bộ trưởng GTVT đề nghị tỉnh Bắc Ninh chỉ đạo Sở GTVT phối hợp với Cục Đường thuỷ nội địa kiểm tra đánh giá, lập phương án nạo vét tại những điểm chưa đạt chuẩn tắc; quá trình phải kiểm soát chặt chẽ, thi công không làm ảnh hưởng đến đê kè trên tuyến (nêu trong thông báo kết luận của Bộ trưởng GTVT phát hành ngày 3/3/2017)
Ngày 1/3/2017, Cục Đường thuỷ có văn bản cho phép nhà đầu tư thực hiện dự án tại Bắc Giang, nhưng tại tỉnh Bắc Ninh chỉ được thực hiện khi có sự đồng ý của UBND tỉnh.
Sau đó, như những thông tin công khai mới đây cho thấy, ngày 9/3/2017, UBND tỉnh Bắc Ninh có văn bản đề nghị Bộ GTVT cho dừng dự án. Trước đó, ngày 8/3/2017, Cục Đường thuỷ cũng đã có văn bản dừng dự án. Ngày 16/3, Bộ GTVT có văn bản thống nhất với đề nghị dừng dự án của Cục Đường thuỷ.