Theo dự thảo, các trường đại học, cao đẳng có thể được chủ động chọn lựa phương thức tuyển sinh liên thông: tổ chức thi tuyển hoặc xét tuyển dựa trên kết quả kỳ thi THPT quốc gia hoặc kết hợp cả hai phương thức này. Nếu lựa chọn hình thức thi tuyển, trường được tự ra đề thi và tổ chức thi tuyển bằng các môn: môn cơ bản, môn cơ sở ngành và môn chuyên ngành hoặc thực hành nghề.
Nhà trường có trách nhiệm thông báo công khai trong thông báo tuyển sinh. Với phương thức này, trường cũng phải xây dựng, ban hành quy chế tuyển sinh liên thông và không được trái với quy chế thi THPT quốc gia, quy chế tuyển sinh đại học, cao đẳng hệ chính quy đối với liên thông chính quy và quy chế tuyển sinh hệ vừa làm vừa học đối với liên thông vừa làm vừa học.
Còn nếu lựa chọn phương thức xét tuyển dựa trên kết quả kỳ thi THPT quốc gia của thí sinh dự thi tại các cụm thi do trường đại học chủ trì, trường phải công bố tổ hợp các môn xét tuyển vào các ngành tương ứng. Trường cũng sẽ không được xét tuyển những thí sinh có kết quả thấp hơn ngưỡng đảm bảo chất lượng đầu vào tuyển sinh đại học, cao đẳng hệ chính quy.
Theo dự thảo, các trường được phép xét tuyển thẳng liên thông từ trung cấp lên cao đẳng. Đối tượng được tuyển thẳng là những người có bằng trung cấp loại giỏi trở lên hoặc người có bằng trung cấp loại khá nhưng đã có ít nhất 2 năm làm việc theo ngành nghề đã được đào tạo, có trình độ văn hóa đáp ứng quy định được tuyển thẳng vào cùng ngành ở trình độ cao đẳng. Người có bằng tốt nghiệp trung cấp và đoạt một trong các giải Nhất, Nhì, Ba tại các kỳ thi tay nghề quốc gia, có trình độ văn hóa đáp ứng quy định cũng được tuyển thẳng vào trường cao đẳng để học ngành, nghề phù hợp với nghề đã đoạt giải.
Những người có bằng tốt nghiệp Y sĩ hoặc Y sĩ đa khoa được đăng ký tuyển sinh đào tạo liên thông trình độ đại học các ngành Y đa khoa, Y học cổ truyền, Y học dự phòng. Những người có bằng tốt nghiệp trung cấp, cao đẳng thuộc khối ngành sức khỏe được tuyển sinh đào tạo trình độ đại học các ngành: Điều dưỡng, Hộ sinh, Y tế công cộng, Kỹ thuật y học.
Những người đăng ký tuyển sinh đào tạo liên thông vào các ngành Y đa khoa, Răng Hàm Mặt, Y học cổ truyển, Dược sĩ trình độ đại học phải có thời gian làm việc liên tục đúng ngành đào tạo ít nhất là 12 tháng tính từ khi ký hợp đồng lao động hoặc có quyết định tiếp nhận đến thời điểm cơ sở đào tạo bắt đầu nhận hồ sơ dự thi không bao gồm thời gian thực hành nghề nghiệp để lấy chứng chỉ hành nghề và được đơn vị tuyển dụng cử đi học.
Đối với các ngành, nghề đặc thù khác khi tổ chức đào tạo liên thông, trường hoặc bộ/ngành quản lý có thể quy định thêm các điều kiện khác để đảm bảo chất lượng đào tạo, nhưng không thấp hơn các quy định tại thông tư này và phải được Bộ Giáo dục và Đào tạo chấp thuận.
"Nới lỏng" một số quy định tuyển sinh liên thông, Bộ Giáo dục có cách quản lý chất lượng như siết chỉ tiêu. Theo dự thảo, chỉ tiêu tuyển sinh liên thông chính quy nằm trong tổng chỉ tiêu tuyển sinh hệ chính quy của trường; chỉ tiêu tuyển sinh liên thông vừa làm vừa học nằm trong tổng chỉ tiêu tuyển sinh vừa làm vừa học của trường. Chỉ tiêu tuyển sinh liên thông chính quy được xác định theo chỉ tiêu của từng ngành đào tạo, không vượt quá 15% chỉ tiêu của ngành đối với các ngành về khoa học sức khỏe và không vượt quá 20% chỉ tiêu của ngành đối với các ngành khác.
Để được tổ chức đào tạo liên thông, cơ sở giáo dục đại học có quyết định giao nhiệm vụ mở ngành đào tạo và đã có ít nhất một khóa tốt nghiệp trình độ cao đẳng, đại học theo hình thức đào tạo chính quy đối với ngành dự kiến đào tạo liên thông. Dự thảo được gửi đi xin ý kiến các trường đến trước ngày 30/3.
Sau hơn 10 năm triển khai, hình thức đào tạo liên thông đã bị một số trường lợi dụng. Để siết chặt quản lý mảng hoạt động này, từ ngày 7/1/2013, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã quy định: các học sinh chưa quá 36 tháng từ khi cấp bằng đến khi thi liên thông phải thi tuyển sinh vào đại học, cao đẳng bình thường với kỳ thi “ba chung” vào đại học. Đến năm 2015, áp dụng kỳ thi THPT quốc gia, nhiều chuyên gia cho rằng quy định siết đào tạo liên thông không còn phù hợp, bởi như thế thí sinh sẽ phải 2 lần thi tốt nghiệp.