Cần ghi nhận những mặt được của BOT mang lại. Tuy nhiên, quá trình xã hội hóa đầu tư trong lĩnh vực này đã bộc lộ không ít tồn tại, bất cập, chưa bảo đảm hài hòa lợi ích của Nhà nước - Nhà đầu tư - Người sử dụng.
Cơ quan quản lý nhà nước kiểm soát không tốt nên vẫn có chủ đầu tư “tay không bắt giặc”, vốn thực hiện là vay ngân hàng lãi suất cao nên chi phí đầu tư lớn, người dân phải mua vé giá cao. Dư luận nêu vấn đề có hay không lợi ích nhóm đằng sau các dự án, không phải không có nguyên do.
Vấn đề phải giải quyết được tận gốc là phải chống được lợi ích nhóm. Dù đã có những quy định về lập dự toán công trình, về xác định giá trị đất, thế nhưng vấn đề định giá công trình, giá trị quỹ đất trong dự án BOT còn phụ thuộc rất nhiều vào người thực hiện, vào chính cơ quan Nhà nước có thẩm quyền. Lợi ích nhóm cũng từ con người. Nếu ngay từ đầu tính toán chi phí không sát thì dù có cạnh tranh, có giảm giá xuống đi nữa, thì vẫn thiệt hại.
Đằng sau những bất cập được chỉ rõ, minh bạch hóa BOT không chỉ từ phía nhà đầu tư, mà phải trong cả hành xử giữa cơ quan chức năng với hợp đồng BOT và nhà đầu tư.
Trên thực tế, không ít dự án BOT bị vỡ phương án tài chính do thay đổi mức thu, phương án thu.
Về mặt pháp lý, hợp đồng giữa nhà đầu tư và cơ quan chức năng là hợp đồng kinh tế. Phá vỡ hợp đồng là vi phạm luật. Hiện tại, Ngân sách Nhà nước rất khó khăn, việc huy động vốn đầu tư hạ tầng giao thông đang trông chờ vào hình thức BOT, BT, PPP và nguồn vốn tư nhân. Sự phá vỡ hợp đồng không theo các quy tắc kinh tế và luật pháp có thể làm mất lòng tin các nhà đầu tư, khiến thu hút vốn vào BOT trở nên trắc trở hơn và khiến các nhà đầu tư chân chính ngần ngại.
Đáng nói, vị trí đặt trạm bị xem là thiếu hợp lý của nhiều dự án có sự chấp thuận cho phép của các cơ quan, địa phương liên quan khi đặt bút ký dự án. Đây là bất cập của dự án BOT không chỉ từ phía nhà đầu tư mà có vai trò, trách nhiệm rất lớn trong thẩm định, phê duyệt dự án. Tuy nhiên, khi BOT nhận nhiều “gạch đá” từ dư luận, vai trò, trách nhiệm liên đới của cơ quan có thẩm quyền lại là một khoảng trống.
Ứng xử với dự án BOT phải dựa trên hợp đồng và đúng luật. Việc xử lý hệ lụy BOT hiện nay nhiều trường hợp đang mang tính mệnh lệnh hành chính, không căn cứ trên hợp đồng sẽ tạo tiền lệ xấu và tâm lý bất an cho các nhà đầu tư tham gia vào BOT. Nhất là trong kêu gọi các nhà đầu tư tư nhân và nước ngoài vào đầu tư trong lĩnh vực hạ tầng.