Tại phiên tòa, 4 bị cáo Trần Thị Dung (SN 1961), Trương Huy Liệu (SN 1959, cùng trú tại Hướng Hóa, Quảng Trị), Đỗ Lý Nhi (SN 1972, trú tại Đông Hà, Quảng Trị, nguyên cán bộ Chi cục Hải quan Cửa khẩu cảng Cửa Việt) và Lê Xuân Thành (SN 1962, trú tại Đông Hà, Quảng Trị, nguyên cán bộ Chi cục Hải quan khu thương mại quốc tế Lao Bảo) cùng có đơn kháng cáo kêu oan.
Bị cáo Đỗ Danh Thắng (SN 1955, trú tại Hải Châu, TP Đà Nẵng, nguyên chi cục trưởng Chi cục Hải quan Cửa khẩu cảng Đà Nẵng) có đơn xin xét xử vắng mặt
Tổng cục Hải quan kháng cáo kiến nghị của TAND TP Đà Nẵng ở phiên sơ thẩm về việc yêu cầu Tổng cục Hải quan làm rõ việc bắt giữ tang vật là lô gỗ trắc nhưng không lập biên bản thu giữ ngay làm ảnh hưởng quá trình điều tra.
VKSND Cấp cao tại Đà Nẵng kháng nghị một phần bản án về tội Buôn lậu của các bị cáo Trần Thị Dung, Trương Huy Liệu và xử lý vật chứng. Đồng thời, đề nghị TAND Cấp cao tại Đà Nẵng xét xử phúc thẩm vụ án theo hướng tăng hình phạt đối với bị cáo Liệu, Dung và tịch thu sung công số tiền hơn 62 tỉ đồng.
Theo hồ sơ vụ án, ngày 17/12/2011, Công ty Ngọc Hưng nhập khẩu lô gỗ trắc từ Lào, nhập cảnh tại cửa khẩu Lao Bảo (Quảng Trị), đã khai báo hải quan và đóng thuế hơn 3 tỉ đồng.
Sau đó, Công ty TNHH Ngọc Hưng xuất nguyên lô gỗ (xếp vào 22 container) sang Hồng Kông (Trung Quốc), thông quan tại cảng Cửa Việt (Quảng Trị).
Khi lô hàng đang vận chuyển vào cảng Tiên Sa (Đà Nẵng), Công an quận Ngũ Hành Sơn (Đà Nẵng) bắt 1 xe chở gỗ phát hiện có dấu hiệu vi phạm trong lĩnh vực hải quan nên giao cho Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Đà Nẵng xử lý.
Ngày 6/4/2012, Cục Điều tra chống buôn lậu (Tổng cục Hải quan) ra quyết định khởi tố vụ án và chuyển hồ sơ cho Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự quản lý kinh tế và chức vụ (C46) Bộ Công an.
Tuy nhiên, C46 có công văn kết luận “Chưa đủ yếu tố cấu thành tội buôn lậu”. Hồ sơ vụ án được C46 trả về Tổng cục Hải quan, sau đó hồ sơ lại được chuyển sang Cơ quan Cảnh sát điều tra (C44) Bộ Công an. C44 ra quyết định khởi tố các bị can trên.
Đến tháng 12/2013, ông Phan Văn Vĩnh (thời điểm đó là Trung tướng, Thủ trưởng Cơ quan CSĐT Bộ Công an) đề xuất “cho xử lý lô gỗ là vật chứng của vụ án theo hướng bán lô gỗ” dù vụ án chưa được đưa ra xét xử. Lô gỗ được bán với giá 63,8 tỉ đồng.